[发明专利]基于信号组合编码的DNA连接测序方法

摘要

本发明基于信号组合编码的DNA连接测序方法涉及一种采用信号组合编码的DNA连接测序方法，属于生物技术领域。本发明的特征在于连接测序反应中的信号编码，实现了利用相同数量标记物，在一次连接反应中同时检测标记物的指数量的碱基类型的测序过程，成倍缩短测序时间，大幅提高测序通量，降低测序成本。本发明利用现有多个标记物在被检测时信号状态的组合进行编码，并与所测碱基的种类一一对应，由于多个标记物信号状态组合数量随着标记物种类的数量的增加而呈现指数增长，提高了相同数量标记物的分辨力，从而达到在一次测序反应中检测标记物的指数量碱基类型的目的。

主权项

1.一种基于信号组合编码的DNA连接测序方法，其特征在于针对某一种特定的DNA测序探针，利用多种标记物状态的组合进行标记，对于一批DNA测序探针，采用多种标记物状态的不同组合方案进行标记，制备一套信号组合编码的DNA测序探针，从而实现在检测时对不同DNA测序探针的区分和鉴别：A一套信号组合编码的DNA测序探针的制备：首先制备未标记的DNA测序探针，每一种未标记的DNA测序探针由一个或多个测序碱基、一个或多个简并碱基N或非严格配对碱基组成；测序碱基用于通过碱基互补配对法则测定待测DNA中相应位置的碱基信息，简并碱基N为A、T、C、G四种碱基中的任意一个；完成未标记的DNA测序探针的制备后，针对每一种未标记的DNA测序探针，采用多种标记物状态的一种组合进行标记，每种标记物在该DNA测序探针上标记与否及标记的量由该标记物在状态的组合中所对应的状态决定；采用不同的状态组合方案对不同的未标记DNA测序探针进行标记，完成一套信号组合编码的DNA测序探针的制备；B 利用上述一套信号组合编码的DNA测序探针的测序流程如下：a.选取一条测序引物与待测的DNA模板依据碱基互补配对原理进行杂交；b.向反应体系中加入上述的一套信号组合编码的DNA测序探针和DNA连接酶及其反应体系，进行DNA连接反应；c.完成DNA连接反应后，检测全部参与状态组合的标记物的信号，判读每种标记物信号所处的状态，根据全部标记物状态的组合情况，确定发生连接反应的DNA测序探针的种类，从而确定该测序探针上测序碱基的类型和排布，并最终确定被测DNA模板上对应位置的碱基或碱基序列信息；d.完成对标记物信号的检测后，移除DNA测序探针上的标记物；e.重复上述步骤b-d直至DNA测序探针达到或超出待测DNA模板待测区域末端；f.该测序引物与待测DNA模板变性分离，选取第二条测序引物；g.重复上述步骤a-f，直至全部未知DNA模板的待测区域的全部序列信息得以确定。