[发明专利]利用分子生物信息学鉴定高邮鸭品种的方法

摘要

本发明涉及一种利用分子生物信息学鉴定高邮鸭品种的方法，属于生物品种鉴定技术领域，本发明基于基因克隆和DNA测序列技术准确获得高邮鸭与受测鸭种线粒体DNA细胞色素b基因的序列，运用多种生物信息学软件，准确计算出每个品种的单倍型、变异位点、单倍型多样度、平均核苷酸差异、核苷酸分歧度和净遗传距离、品种间Kimura双参数遗传距离、品种群体聚类结果图和单倍型系统发生树，品种间的遗传信息差异经软件精密计算和分析的结果鉴定真伪高邮鸭品种。

主权项

一种利用分子生物信息学鉴定高邮鸭品种的方法，其特征是，所述的方法是基于基因克隆和DNA测序技术准确获得高邮鸭和受测鸭种的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因序列为基础，运用多种生物信息学软件，准确计算出每个品种的单倍型、变异位点、单倍型多样度、平均核苷酸差异、核苷酸分歧度和净遗传距离、品种间Kimura双参数遗传距离、品种群体聚类结果图和单倍型系统发生树，品种间的遗传信息差异经软件精密计算和分析的结果鉴定真伪高邮鸭品种：(1)在高邮鸭品种和受测鸭品种中随机抽取若干只母鸭，翅静脉采血，血样用苯酚-氯仿法提取包括线粒体DNA的总DNA；(2)按照GeneBank上发表的绿头鸭线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因序列设计引物；(3)利用设计的引物对高邮鸭和受测鸭种的mtDNA细胞色素b基因进行PCR扩增，PCR产物经克隆，并在ABI3730测序仪器上完成测序；(4)测序结果通过Chromas1.49软件读取，并对测序结果进行人工逐碱基读取和反复核对，以确保准确无误；(5)用DnaSP4.10.7软件统计单倍型、变异位点、单倍型多样度、平均核苷酸差异、核苷酸分歧度和净遗传距离；(6)根据受测鸭种和高邮鸭品种序列的单倍型、变异位点、单倍型多样度、平均核苷酸差异、核苷酸分歧度和净遗传距离，确定鸭品种内及品种间基因序列变异程度，平均变异程度小于2％，则为同一品种，大于2％则为不同品种；(7)运用MEGA4.0软件计算品种间Kimura双参数遗传距离，并基于Kimura双参数模型应用UPGMA/NJ法构建群体聚类图，单倍型系统发生树；运用NETWORK4.5.0.1软件构建单倍型网络发生树；根据这两种软件分别分析得到的群体聚类图、单倍型系统发生树和单倍型网络发生树的结果，若受测定鸭种与高邮鸭群体或单倍型聚为一类则为同一品种，否则为不同品种。