[发明专利]一种HPV检测及分型方法

摘要

本发明公开了一种HPV检测及分型方法，包括步骤：用HPV裂解液对生物样品中的HPV进行裂解，分离提取核酸；用SEQ ID No.1～SEQ ID No.4特异性引物从上述步骤所得核酸中扩增HPVL1核酸片段；对获得的HPVL1核酸片段进行焦磷酸测序反应，焦磷酸测序引物选自SEQ ID No.5～SEQ ID No.31任意一种或几种；将焦磷酸测序读出的序列与HPV型别序列进行比对，判断HPV分型结果。本发明利用DNA条码技术和焦磷酸测序技术，对生物样本中的HPV进行检测、分型，可用于评估生殖道癌症及相关疾病的发生发展并对其进行预后指导。本发明操作简便、通量高、特异性好、灵敏度高、准确性较高、检测速度快、检测成本低，具有广阔的应用前景。

主权项

一种HPV检测及分型方法，其特征在于包括以下步骤：(a)用HPV裂解液对生物样品中的HPV进行裂解，分离提取核酸；(b)用以下特异性引物从步骤(a)所得核酸中扩增HPVL1核酸片段：G1：5’-CARGGACAIAAYAATGGYATTTGCTG-3’(SEQ ID No.1)G2：5’-CARGGACATAAYAATGGYATTTGTTG-3’(SEQ ID No.2)G3：5’-GAAAAAYAAACTGYAAATCATAYTCCTC-3’(SEQ ID No.3)G4：5’-GAAAAAYAAACTGYAAATCATAYTCTTC-3’(SEQ ID No.4)其中G3/G4为生物素标记引物；(c)对步骤(b)获得的HPVL1核酸片段进行焦磷酸测序反应，焦磷酸测序引物选自以下任意一种或几种：HPV6s：5’-AACTACATCTTCCACATACAC-3’(SEQ ID No.5)HPV11s：5’-GTCTAAATCTGCTACATACAC-3’(SEQ ID No.6)HPV16s：5’-ATTATGTGCTGCCATATCTACTT-3’(SEQ ID No.7)HPV18s：5’-ACAGTCTCCTGTACCTGGG-3’(SEQ ID No.8)HPV31s：5’-CCAATATGTCTGTTTGTGCTGC-3’(SEQ ID No.9)HPV33s：5’-GTACTAATATGACTTTATGC-3’(SEQ ID No.10)HPV35s：5’-GTGTTCTGCTGTGTCTTCTAGT-3’(SEQ ID No.11)HPV39s：5’-TATAGAGTCTTCCATACCT-3’(SEQ ID No.12)HPV40s：5’-CCCCACACCAACCCCATATAA-3’(SEQ ID No.13)HPV42s：5’-CATGACTTTGTGTGCCACTG-3’(SEQ ID No.14)HPV43s：5’-CGTTATGTGCCTCTACTGACC-3’(SEQ ID No.15)HPV44s：5’-CTACACAGTCCCCTCC-3’(SEQ ID No.16)HPV45s：5’-CTCTACACAAAATCCTGTG-3’(SEQ ID No.17)HPV51s：5’-CTGCTGCGGTTTCC-3’(SEQ ID No.18)HPV52s：5’-TTTATGTGCTGAGGTTAAAAAG-3’(SEQ ID No.19)HPV53s：5’-CGCAACCACACAGTCTATG-3’(SEQ ID No.20)HPV54s：5’-ACAGCATCCACGCAGG-3’(SEQ ID No.21)HPV56s：5’-CAGAACAGTTAAGTAAATATGAT-3’(SEQ ID No.22)HPV58s：5’-CACTGAAGTAACTAAGG-3’(SEQ ID No.23)HPV59s：5’-TTCTACTACTTCTTCTATTCCTAA-3’(SEQ ID No.24)HPV66s：5’-TAATGCAGCTAAAAGC-3’(SEQ ID No.25)HPV68as：5’-TTTGTCTACTACTACTGAATCA-3’(SEQ ID No.26)HPV70s：5’-AACGGCCATACCTGCTGTAIAT-3’(SEQ ID No.27)HPV73s：5’-TAGGTACACAGGCTAGTAG-3’(SEQ ID No.28)HPV83s：5’-GCTACACAGGCTAATGAAIACACA-3’(SEQ ID No.29)HPVmm4s：5’-CACTGCTGTTACTCAATCTG-3’(SEQ ID No.30)HPVCP8304s：5’-GCTACATCTGCTGCT-3’(SEQ ID No.31)(d)将焦磷酸测序读出的序列与HPV型别序列进行比对，判断HPV分型结果。