[发明专利]一种验证顺式作用基因表达数量性状基因座真实性的方法

摘要

本发明公开了一种高效而准确地验证顺式作用基因表达数量性状基因座真实性的方法。综合生物信息学分析和分子生物学技术，逐步剔除假阳性cis-eQTL：剔除两亲本间表达差异无显著统计学基因的基因；剔除探针靶序列在B6和D2间存在多态性的基因；运用RT-PCR技术或ABA原位杂交分析的方法验证基因芯片资料的准确性；进行等位基因特异性表达分析，若两等位基因表达具有显著差异则认为是真性cis-eQTL。本发明可以高效而又准确的验证cis-eQTL真实性。

主权项

一种验证顺式作用基因表达数量性状基因座真实性的方法，其特征是：包括下列步骤：(1)结合基因表达资料和基因型数据，借助B×D的基因重组近交系小鼠进行基因表达数量性状基因座定位的初步的分析，筛选出具有统计学意义的上游调控位点，并根据所定位到的eQTL的位置进行初步判断，eQTL所在位置与基因自身所在位置相距5Mb范围以内的被初步认定为顺式作用基因表达数量性状基因座；(2)通过RT-PCR实验或ABA原位杂交分析，验证基因芯片资料的准确性；(3)分析两亲本间的表达差异，剔除差异表达无统计学意义的基因；(4)分析探针靶序列的多态性，剔除靶序列上存在B6和D2间的多态性序列的基因；(5)进行等位基因特异性表达分析，若两等位基因B和D表达具有显著差异则为真性cis-eQTL。