[发明专利]一种用ZBTB38基因检测黄牛体型大小的方法

摘要

本发明公开了一种用ZBTB38基因检测黄牛体型大小的方法，该方法根据牛ZBTB38基因序列设计一对引物；利用该引物对牛的基因组DNA进行PCR扩增；并对PCR产物进行反向测序，检测出ZBTB38基因外显子1的第2145位、2286位、2323位、2325位、2409位、2457位、2583位、2643位和2676位共9个位点处形成的T/C、T/C、G/A、C/T、T/C、G/C、C/T、G/A和G/A共9个突变，分别命名为T2145C、T2286C、G2323A、C2325T、T2409C、G2457C、C2583T、G2643A和G2676A变异位点。根据实验结果表明，9个变异位点的分析可以由T2145C、G2323A和T2409C三个变异位点代表，且T2145C、G2323A和T2409C3个变异位点的联合基因型中TTAATT和TCGATC基因型的体尺性状指标均高于其他基因型；G2323A位点的基因型与黄牛群体的体长、体高和尻长显著相关（P<0.05）。该方法操作简单、费用低、精确度高，可进行快速检测。

主权项

一种用ZBTB38基因检测黄牛体型大小的方法，其特征在于，包括下列步骤：步骤一，根据牛ZBTB38基因序列设计一对引物ZBTB38F和ZBTB38R；引物ZBTB38F：5’ CTG TGA GTA ACG GCA GTG AGA AC 3’引物ZBTB38R：5’ GTC ACT GGC ATC GTC AAA CAT C 3’；步骤二，利用该对引物ZBTB38F和ZBTB38R对牛的基因组DNA进行PCR扩增，得到由ZBTB38F和ZBTB38R表示的引物扩增的第一外显子区的扩增片段，该扩增片段的长度为647bp；步骤三，将PCR反应产物用PCR产物纯化试剂盒进行回收、纯化，并对纯化后产物进行反向测序；步骤四，根据测序结果检测出ZBTB38基因外显子1的第2145位、第2286位、第2323位、第2325位、第2409位、第2457位、第2583位、第2643位和第2676位共9个位点处形成的T/C、T/C、G/A、C/T、T/C、G/C、C/T、G/A和G/A共9个突变，分别命名为T2145C、T2286C、G2323A、C2325T、T2409C、G2457C、C2583T、G2643A和G2676A；步骤五，连锁不平衡分析发现：T2145C、T2286C、G2457C、C2583T、G2643A、G2676A六个SNP之间紧密连锁，即r2>0.33，可选用T2145C为代表；G2323A和C2325T之间紧密连锁，即r2>0.33，可选用G2323A为代表；T2409C与其它8个SNP的连锁不紧密，即r2<0.33，需要单独进行关联分析；步骤六，考虑多种影响因素，T2145C、G2323A和T2409C三个变异位点联合基因型与黄牛体尺性状的关联分析结果发现三个代表位点的联合基因型中TTAATT和TCGATC基因型的体尺性状指标高于其他基因型；步骤七，单独进行关联分析结果发现T2145C和T2409C位点的基因型与黄牛群体体尺性状指标无显著相关；G2323A基因型与黄牛群体的体长、体高和尻长显著相关；GA型个体的体长显著高于AA型个体，GG和GA型个体的体高极显著高于AA型个体，GG和GA型个体的尻长显著高于AA型个体。