[发明专利]一种哺乳动物微小核糖核酸基因预测的方法

摘要

本发明根据哺乳动物微小核糖核酸(microRNA)前体序列具有高度跨物种保守性的特点，从已知的微小核糖核酸序列出发，找到了一种可行的基于同源预测的微小核糖核酸基因鉴定的生物信息学方法，可直接针对微小核糖核酸基因进行锁定，以便于进一步的生物学实验验证。本发明主要包括如下流程：步骤1：获取已知哺乳动物的微小核糖核酸前体发卡环序列；步骤2：获得未知物种的基因组序列；步骤3：利用局部比对，从基因组内寻找微小核糖核酸的同源序列；步骤4：根据一定的标准筛选潜在的前体序列；步骤5：利用核糖核酸(RNA)二级结构折叠软件生成二级结构；步骤6：计算二级结构自由能，筛选合格微小核糖核酸前体；步骤7：预测微小核糖核酸成熟体。最终，对于感兴趣的微小核糖核酸，可以直接进行实验验证。

主权项

一种可以预测哺乳动物微小核糖核酸(microRNA)的生物信息学方法，可直接针对微小核糖核酸基因进行锁定步骤1：获取已知哺乳动物的微小核糖核酸前体发卡环序列；步骤2：获得未知物种的基因组序列；步骤3：利用局部比对，从基因组内寻找微小核糖核酸的同源序列；步骤4：根据三个标准筛选潜在的前体序列：1)比对长度大于95％，碱基一致度大于80％；2)前体符合发卡环结构，茎部长度大于15个碱基，环部不存在多环现象；3)成熟体位置不存在突变碱基。步骤5：利用核糖核酸(RNA)二级结构折叠软件生成二级结构；步骤6：计算二级结构自由能，筛选合格微小核糖核酸(microRNA)前体；步骤7：预测微小核糖核酸成熟体。步骤8：利用RT‑PCR(反转录聚合酶链式反应)技术对预测的微小核糖核酸基因进行验证。