[发明专利]用大肠杆菌基因指纹图谱识别海洋水体粪便污染源的方法

摘要

本发明提供一种用大肠杆菌基因指纹图谱识别海洋水体粪便污染源的方法，包括大肠杆菌分离纯化步骤、已知源大肠杆菌基因指纹图谱库的建立步骤和海洋水体粪便污染溯源分析步骤。本发明应用滤膜法分离纯化大肠杆菌，选用重复性基因外回文序列聚合酶链反应建立已知粪便源大肠杆菌基因指纹图谱库，将从海洋水体样本中分离得到的未知源大肠杆菌基因指纹图谱与已知粪便源大肠杆菌基因指纹图谱库进行比对，依据相似性大小排序确定其最大可能来源，并据此识别海洋水体中粪便污染来源。本发明所需仪器设备简单，检测时间短，可以进行大批量样品检测，分辨性好、重复性强、稳定性高，能够满足对近岸海域粪便污染监测、管理的需求。

主权项

一种用大肠杆菌基因指纹图谱识别海洋水体粪便污染源的方法，该方法包括：大肠杆菌分离纯化步骤，在该步骤中，选择合适梯度体积的粪便样本，采用滤膜法，以带栅格纤维滤膜和m‑TEC琼脂培养基为基质进行菌种分离培养后，挑取符合大肠杆菌形态特征的菌落，以LB琼脂培养基为基质进行2～3次纯化，对经生化鉴定后确定为大肠杆菌的菌株进行保存；已知源大肠杆菌基因指纹图谱库的建立步骤，在该步骤中，采用传统的苯酚‑氯仿抽提法提取大肠杆菌基因组DNA，用特定引物进行聚合酶链反应，采用缓冲液、染色液以及琼脂糖凝胶进行聚合酶链反应产物电泳，采用暗箱透射紫外照射进行琼脂糖凝胶成像，从而获得各菌株的基因指纹图谱，构建已知源大肠杆菌基因指纹图谱库；海洋水体粪便污染溯源分析步骤，在该步骤中，采用数据分析软件，将从海洋水体样本中分离得到的未知源大肠杆菌基因指纹图谱与已知源大肠杆菌基因指纹图谱库进行比对，依据相似性大小排序确定其最大可能来源，并据此对采样海域水体中的粪便污染进行溯源。