[发明专利]基于关键蛋白质和局部适应的蛋白质复合物识别方法

摘要

本发明公开了一种基于关键蛋白质和局部适应的蛋白质复合物识别方法，基于关键蛋白质对有机体生命活动的重要性，本发明在考虑蛋白质相互作用网络的拓扑特性的基础上，以关键蛋白质作为种子，提出了一种基于关键蛋白质和局部适应的蛋白质复合物识别方法(EPOF)。该方法既能用于非加权蛋白质相互作用网络，也能用于加权蛋白质相互作用网络。该方法只需根据蛋白质相互作用信息和关键蛋白质信息就能够较准确地识别蛋白质复合物，并且可以一次预测出大量的蛋白质复合物，解决了化学实验方法成本昂贵和耗时等问题。

主权项

一种基于关键蛋白质和局部适应的蛋白质复合物识别方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1：建立蛋白质相互作用无向图：输入一组蛋白质相互作用信息，过滤其中的重复相互作用和自相互作用，建立蛋白质相互作用无向图G；其中，蛋白质相互作用信息指蛋白质‑蛋白质关联及其关联可靠性计分的集合；每一对蛋白质‑蛋白质关联的成员是具有直接相互作用的两个蛋白质；步骤2：搜索关键蛋白质结点并排序：根据一组输入的关键蛋白质信息搜索蛋白质相互作用无向图G中的关键蛋白质结点，并且根据其在蛋白质相互作用无向图G中的度从大到小排序后放入一个候选种子队列Sq中；所述的度即无向图G中与该关键蛋白质结点相关联的边数；步骤3：根据候选种子队列Sq进行蛋白质复合物识别：若候选种子队列Sq不为空，选取Sq的首个结点A，将首个结点A初始化为一个簇H，然后对簇H进行簇扩充；每扩充完一个簇，将簇内的所有关键蛋白质结点从候选种子队列Sq中删除，并将该簇存入结果队列C；候选种子队列Sq为空时，输出结果，即输出结果队列C中所有被识别的簇，所有被识别的簇即所要识别蛋白质复合物，整个识别过程结束。