[发明专利]一种利用LDR技术检测中国荷斯垣牛乳脂率分子标记的方法

摘要

本发明公开了一种利用LDR技术检测中国荷斯垣牛乳脂率分子标记的方法，其特征在于，步骤如下：(1)扩增用于LDR反应包含A8398G位点的片段：以中国荷斯垣牛A8398G基因组DNA为模板，在TaqDNA聚合酶、缓冲环境、Mg2+、dNTPs存在的情况下，用引物在PCR条件下进行扩增，用于LDR反应；(2)进行LDR反应：设计三条探针，然后进行LDR反应；(3)分析：LDR反应产物由ABI PRISM-377DNA测序仪检测，根据LDR产物的长度与各基因型进行关联分析。本发明的利用LDR技术检测中国荷斯垣牛乳脂率分子标记的方法，以碱基错配为基础，使用特异性探针对特定片段DNA进行识别，具有很高的准确性与其他SNP检测技术相比，LDR检测技术拥有准确度高、通用性强、通量大、操作简单、成本低等优点。

主权项

一种利用LDR技术检测中国荷斯垣牛乳脂率分子标记的方法，其特征在于，步骤如下：(1)扩增用于LDR反应包含A8398G位点的片段：以中国荷斯垣牛A8398G基因组DNA为模板，在TaqDNA聚合酶、缓冲环境、Mg2+、dNTPs存在的情况下，用引物在PCR条件下进行扩增，PCR产物大小为156bp，用于LDR反应；所述引物的序列如下：上游引物：GAGCTTGATTCTTGGGTTGC；下游引物：ATCATCTCCATGCCTTCCAG；(2)进行LDR反应：设计三条探针，然后进行LDR反应；所述三条探针的序列分别如下：A8398G_MODIFY：P‑ACCTCGGTGACTAGGTGATACAGAGTTTTTTTTTTTTTTTT‑FAM；A8398G_A：TTTTTTTTTTTTTTTTATCTGGGGCTCCTTTCATACCCCGT；A8398G_G：TTTTTTTTTTTTTTTTTTATCTGGGGCTCCTTTCATACCCCGC；其中，A8398G_MODIFY的末端带有FAM修饰，5’端磷酸化；探针A8398G_A的3’末端碱基与A对应，探针A8398G_G的3’末端碱基与G对应；(3)分析：LDR反应产物由ABI PRISM‑377DNA测序仪检测，根据LDR产物的长度与各基因型进行关联分析，结果如下：基因型AA的LDR产物片段长度为82bp，基因型GG的LDR产物片段长度为84bp，基因型AG的LDR产物片段长度为82bp和84bp的混合。