[发明专利]生物分子网络展示分析系统及其分析方法无效
申请号: | 201110100630.2 | 申请日: | 2011-04-21 |
公开(公告)号: | CN102142064A | 公开(公告)日: | 2011-08-03 |
发明(设计)人: | 石铁流;李鹏 | 申请(专利权)人: | 华东师范大学 |
主分类号: | G06F19/12 | 分类号: | G06F19/12 |
代理公司: | 上海麦其知识产权代理事务所(普通合伙) 31257 | 代理人: | 董红曼 |
地址: | 200062 上*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | 本发明提供一种生物分子网络展示分析系统,包括在线分析模块、离线分析模块、网络数据结构模块、网络排布模块、网络展示模块、网络分析模块、数据库、文献数据接口、临时数据表、数据输出模块。本发明可以基于互联网资源接通过生物分子数据库基于关注的蛋白和基因集合自动构建并注释相关的生物分子网络。本发明还提供生物分子网络展示分析系统的分析方法,基于生物分子网络特征,整合系统生物学、生物信息学中的已有研究注释信息,以无标度网络为基础模型,结合生物分子网络特征,细化节点和关系类型。 | ||
搜索关键词: | 生物 分子 网络 展示 分析 系统 及其 方法 | ||
【主权项】:
一种生物分子网络展示分析系统,其特征在于,包括:在线分析模块(1),其通过文献数据接口(8)、数据库(7)检索节点对应的注释信息和关系注释信息,基于所述关系注释信息进行扩展网络;离线分析模块(2),其导入网络数据文档XML文件,初始化网络信息,并进行有效性检验; 网络数据结构模块(3),其根据所述在线分析模块(1)或所述离线分析模块(2)的分析结果构建网络;网络排布模块(4),其按照网络排布算法,计算所述网络数据结构模块(3)构建的网络中节点的初始位置,并输出所述初始位置的坐标;网络展示模块(5),其按照节点的展示属性进行可视化修饰;网络分析模块(6),其对网络结构进行初始化分析,提供网络扩展接口,提供在线注释信息跳转功能,提供按属性网络过滤功能;数据库(7),其提供数据支持;文献数据接口(8),其连接现有生物医学类文献资源数据挖掘类在线分析平台,以获取与节点对应的注释信息与关系节点信息;临时数据表(9),其储存所述在线分析模块(1)、所述离线分析模块(2)的分析结果;数据输出模块(10),其输出网络参数数据、网络分析结果和相关图像文档。
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G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
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