[发明专利]一种与miRNA相关的功能性分子标记的开发方法

摘要

本发明公开了一种与MicroRNA（简称miRNA）相关的功能性标记的开发方法。该方法将miRNA数据库中已知的miRNA序列与被研究的物种已公开的DNA序列进行BlastN比对，根据碱基错配的数目和相似程度确定miRNA对应的DNA(简称miDNA)序列，然后将其左右延伸一定距离，使总长约150bp，再通过茎环二级结构的预测和最小自由折叠能系数的计算确定前体miDNA位点。将筛选出的所有前体miDNA序列进行分类比对，根据保守序列设计引物，将设计好的引物在数据库中进行电子比对，确定其为miDNA特有序列，最后根据各引物的退火温度大小相互组合，开发出一种效率高和多态性好的功能性标记。该标记系统结合了SSR和AFLP等传统标记的优点，具有较高的移植性、低成本性、多态性和稳定性等优良特点。

主权项

一种与miRNA相关的功能性分子标记的开发方法，其特征在于，将miRNA数据库中已知的miRNA序列与被研究物种已公开的DNA序列进行BlastN比对，根据碱基错配的数目和相似程度确定miDNA候选序列，然后将其左右延伸一定距离达到150bp左右，再经过茎环二级结构预测和最小自由折叠能系数的计算确定前体miDNA位点；将筛选出的所有前体miDNA序列进行分类比对，根据保守序列设计引物，然后将设计好的引物在数据库中进行电子比对，确定其是否为miDNA特有序列；最后根据各引物的退火温度大小相互组合，开发出一种效率高和多态性好的功能性标记。