[发明专利]长的非编码RNA靶基因预测的方法无效
| 申请号： | 201110162894.0 | 申请日： | 2011-06-16 |
| 公开（公告）号： | CN102827923A | 公开（公告）日： | 2012-12-19 |
| 发明（设计）人： | 曾华宗 | 申请（专利权）人： | 上海聚类生物科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68;G06F19/18 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 200333 上海市*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 一种适用于长的非编码RNA(lncRNA)靶基因预测的方法。可以快速准确的对lncRNA调控的基因进行准确预测。本发明主要包括的内容是：1、LncRNA的基因组定位方法。2、LncRNA两种作用方式：Cis作用方式和trans作用方式的靶基因预测。 | ||
| 搜索关键词： | 编码 rna 基因 预测 方法 | ||
【主权项】：
一种适用于长的非编码RNA靶基因预测的方法，其特征在于：本发明采用的技术方案是：步骤一：lncRNA的基因组定位：ncRNA的基因组定位分为3类：一类是内含子反义转录本，内含子反义转录本一般抑制靶基因的表达。另一类是编码区反义转录本，编码区反义转录本一般也是抑制靶基因的表达，第三类是基因间非编码转录本，基因间非编码转录本则比较复杂，一般认为对临近的上下游基因具有调节作用步骤二：靶基因预测：靶基因分为Cis作用和trans作用。Cis作用是lncRNA的一种靶基因作用方式，在启动子区域同向转录的靶基因一般是促进表达作用，反向则一般为抑制作用。而在3’‑UTR区域时，部分情况下反向也为促进表达。trans作用是lncRNA的另一种靶基因作用方式，lncRNA与靶基因不考虑位置关系，通过碱基配对互相识别。我们利用RNAplex(http://www.tbi.univie.ac.at/～htafer/)确定lncRNA的可能的靶基因。我们预先将lncRNA与蛋白编码基因进行blast(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)比对(参数为e＜1E‑5)然后利用RNAplex进行进一步的筛选(参数为RNAplex‑e‑20)。
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