[发明专利]一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法有效
| 申请号： | 201110315297.7 | 申请日： | 2011-10-17 |
| 公开（公告）号： | CN103049677A | 公开（公告）日： | 2013-04-17 |
| 发明（设计）人： | 管翀;赵国华;曹同成;黄晓峰;张莹莹 | 申请（专利权）人： | 同济大学 |
| 主分类号： | G06F19/12 | 分类号： | G06F19/12 |
| 代理公司： | 上海科盛知识产权代理有限公司 31225 | 代理人： | 赵志远 |
| 地址： | 200092 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法，包括以下步骤：(1)读入蛋白质和小分子配体文件数据；(2)判断蛋白质和小分子配体中的原子类型；(3)随机初始化小分子配体的位置和角度；(4)运行SearchProtein算法，优化小分子配体的坐标和角度，Chemscore公式作为评价函数；(5)达到最大迭代次数后终止计算；(6)分析结果，RMSD、对接自由能ΔG和对接位点的坐标，输出结果。与现有技术相比，本发明具有做到对污染物与生物大分子之间时候有作用作出迅速判断等优点。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 处理 分子 蛋白质 相互作用 计算方法 | ||
【主权项】：
一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)读入蛋白质和小分子配体文件数据；(2)判断蛋白质和小分子配体中的原子类型；(3)随机初始化小分子配体的位置和角度；(4)运行SearchProtein算法，优化小分子配体的坐标和角度，Chemscore公式作为评价函数；(5)达到最大迭代次数后终止计算；(6)分析结果，RMSD、对接自由能ΔG和对接位点的坐标，输出结果。
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