[发明专利]基于元基因组学的未知病原快速鉴定系统及分析方法有效

专利信息
申请号: 201110452666.7 申请日: 2011-12-29
公开(公告)号: CN103186716B 公开(公告)日: 2017-02-08
发明(设计)人: 韦朝春;蔡锴晔;宣黎明;贾鹏;刘雷;李亦学 申请(专利权)人: 上海生物信息技术研究中心
主分类号: G06F19/22 分类号: G06F19/22
代理公司: 上海光华专利事务所31219 代理人: 冯珺
地址: 200235 上海*** 国省代码: 上海;31
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摘要: 发明提供一种基于元基因组学的未知病原的快速鉴定系统及分析方法,运用元基因组学的方法进行未知病原鉴定及分析包括测序质量控制系统对测序数据进行质量分析,把测序质量不合要求的部分去除;Meta‑All分析系统本系统的主体部分,从测序数据分析元基因组中的物种组成结构;NeSSM第二代测序模拟系统独立部分可以产生模拟的测序数据;病原数据库系统自动更新Meta‑All分析系统需要用到的数据库资源;病原组成比较分析单元根据物种组成表比较不同来源的元基因组病原组成结构的异同,找出与疾病相关性高的病原。本发明的优点在运行元基因组学的方法可以迅速缩小未知病原鉴定的范围,从而加速鉴定的速度,同时对完全未知的病原可以从相似病原进行分析。
搜索关键词: 基于 基因组 未知 病原 快速 鉴定 系统 分析 方法
【主权项】:
一种基于元基因组的未知病原快速鉴定系统,其特征在于,包括:质量控制系统:对测序数据进行质量分析,把测序质量不合要求的部分去除;Meta‑All分析系统:本系统的主体部分,从测序数据分析元基因组的物种组成结构;NeSSM第二代测序模拟系统:独立部分,产生模拟的测序数据;病原数据库系统:病原分析相关的Meta‑All分析系统需要用到的数据库资源,包括数据库自动更新组件;所述病原数据库系统还执行质量控制、物种分析、16S核糖体RNA基因序列的物种分析的校正、全基因组随机测序序列物种分析的校正、全基因组随机测序序列的Binning、多样本物种组成结构比较;病原组成比较分析单元:根据物种组成表,比较不同来源的元基因组病原组成的异同,找出与疾病相关性高的病原。
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