[发明专利]基于元基因组学的未知病原快速鉴定系统及分析方法有效
申请号: | 201110452666.7 | 申请日: | 2011-12-29 |
公开(公告)号: | CN103186716B | 公开(公告)日: | 2017-02-08 |
发明(设计)人: | 韦朝春;蔡锴晔;宣黎明;贾鹏;刘雷;李亦学 | 申请(专利权)人: | 上海生物信息技术研究中心 |
主分类号: | G06F19/22 | 分类号: | G06F19/22 |
代理公司: | 上海光华专利事务所31219 | 代理人: | 冯珺 |
地址: | 200235 上海*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | 本发明提供一种基于元基因组学的未知病原的快速鉴定系统及分析方法,运用元基因组学的方法进行未知病原鉴定及分析包括测序质量控制系统对测序数据进行质量分析,把测序质量不合要求的部分去除;Meta‑All分析系统本系统的主体部分,从测序数据分析元基因组中的物种组成结构;NeSSM第二代测序模拟系统独立部分可以产生模拟的测序数据;病原数据库系统自动更新Meta‑All分析系统需要用到的数据库资源;病原组成比较分析单元根据物种组成表比较不同来源的元基因组病原组成结构的异同,找出与疾病相关性高的病原。本发明的优点在运行元基因组学的方法可以迅速缩小未知病原鉴定的范围,从而加速鉴定的速度,同时对完全未知的病原可以从相似病原进行分析。 | ||
搜索关键词: | 基于 基因组 未知 病原 快速 鉴定 系统 分析 方法 | ||
【主权项】:
一种基于元基因组的未知病原快速鉴定系统,其特征在于,包括:质量控制系统:对测序数据进行质量分析,把测序质量不合要求的部分去除;Meta‑All分析系统:本系统的主体部分,从测序数据分析元基因组的物种组成结构;NeSSM第二代测序模拟系统:独立部分,产生模拟的测序数据;病原数据库系统:病原分析相关的Meta‑All分析系统需要用到的数据库资源,包括数据库自动更新组件;所述病原数据库系统还执行质量控制、物种分析、16S核糖体RNA基因序列的物种分析的校正、全基因组随机测序序列物种分析的校正、全基因组随机测序序列的Binning、多样本物种组成结构比较;病原组成比较分析单元:根据物种组成表,比较不同来源的元基因组病原组成的异同,找出与疾病相关性高的病原。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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