[发明专利]用于基于网络的生物活性评估的系统与方法

摘要

本发明公开涉及用于基于网络的生物活性评估的系统与方法。本文公开了基于从生物系统中的实体子集测出的活性数据来量化生物系统对一个或多个扰动的响应的系统与方法。基于该活性数据和描述测量和未测量的实体之间关系的生物系统的网络模型，推断未测量的实体的活性。推断出的活性用于导出量化生物系统对扰动的响应，诸如对治疗条件的响应，的得分。该得分可以代表网络对扰动的响应的量级和拓扑分布。

主权项

一种用于量化生物系统的扰动的计算机化方法，包括：在至少一个处理器接收与第一组生物实体对第一治疗的响应对应的第一组治疗数据，其中第一生物系统包括生物实体，所述生物实体包括第一组生物实体和第二组生物实体，第一生物系统中的每个生物实体与第一生物系统中的至少一个其它生物实体相互作用；在所述至少一个处理器接收与第一组生物实体对与第一治疗不同的第二治疗的响应对应的第二组治疗数据；在所述至少一个处理器提供第一计算因果网络模型，所述第一计算因果网络模型代表第一生物系统并且包括：代表第一组生物实体的第一组节点，代表第二组生物实体的第二组节点，连接节点并且代表生物实体之间的关系的边，及方向值，代表第一治疗数据与第二治疗数据之间预期的变化方向；利用所述至少一个处理器为第一组节点中的对应节点计算代表第一治疗数据与第二治疗数据之间的差异的第一组活性测量；及通过为第二组节点中的每个特定节点识别使差异声明最小化的活性值，所述差异声明表示特定节点的活性值与该特定节点利用第一计算因果网络模型中的边连接到的节点的活性值或活性测量之间的差异，基于第一计算因果网络模型和第一组活性测量，利用所述至少一个处理器为第二组节点中的对应节点生成第二组活性值。