[发明专利]包含聚合物单元的聚合物的分析在审
| 申请号： | 201280057564.8 | 申请日： | 2012-09-21 |
| 公开（公告）号： | CN104066850A | 公开（公告）日： | 2014-09-24 |
| 发明（设计）人： | 斯图尔特·威廉·里德;加文·哈珀;克莱夫·加文·布朗;詹姆斯·安东尼·克拉克;安德鲁·约翰·赫伦 | 申请（专利权）人： | 牛津楠路珀尔科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68;G01N33/487;G06F19/22;B82Y15/00 |
| 代理公司： | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人： | 余刚;张英 |
| 地址： | 英国*** | 国省代码： | 英国;GB |
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| 摘要： | 在聚合物(3)例如DNA中的聚合物单元的序列由涉及聚合物的至少一个测量的系列例如作为移位通过纳米孔(1)的函数的离子电流来估计，其中每个测量值取决于k聚体，所述k聚体是k个聚合物单元(4)的组。提供了尤其是隐马尔可夫模型(HMM)的概率模型，对于一组可能的k聚体，所述模型包括：表示从起源k聚体到目标k聚体的过渡的机会的过渡权重；以及表示观测k聚体的测量的给定值的机会的关于每个k聚体的发射权重。利用参考模型的分析技术例如维特比解码来分析测量的系列，并基于通过由聚合物单元的序列产生的测量的系列的模型所预测的似然来估计在聚合物中的聚合物单元的至少一种估计的序列。在进一步的实施方式中，在移位期间跨越纳米孔施加不同的电压以便改善聚合物单元的分辨力。 | ||
| 搜索关键词： | 包含 聚合物 单元 分析 | ||
【主权项】：
一种由涉及聚合物的至少一个测量的系列来估计所述聚合物中的聚合物单元的序列的方法，其中，每个测量的值取决于k聚体，所述k聚体是k个聚合物单元的组，其中k是正整数，所述方法包括：提供模型，对于一组可能的k聚体，所述模型包括：过渡权重，所述过渡权重表示从起源k聚体到目标k聚体的过渡的机会，和关于每个k聚体的发射权重，所述发射权重表示观测该k聚体的测量的给定值的机会；以及利用参考所述模型的分析技术来分析所述测量的系列并且基于通过由聚合物单元的序列产生的所述测量的系列的模型所预测的似然来估计所述聚合物中的聚合物单元的至少一种估计的序列。
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