[发明专利]一种BWT实现方法中对后缀进行排序的方法及系统有效

专利信息
申请号: 201310033687.4 申请日: 2013-01-29
公开(公告)号: CN103117748A 公开(公告)日: 2013-05-22
发明(设计)人: 俞健康;侯锐;张继璠;龙冰洁;李冰 申请(专利权)人: 中国科学院计算技术研究所
主分类号: H03M7/30 分类号: H03M7/30;G06F9/38
代理公司: 北京律诚同业知识产权代理有限公司 11006 代理人: 祁建国;梁挥
地址: 100190 北*** 国省代码: 北京;11
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摘要: 发明提供一种BWT实现方法中对后缀进行排序的方法及系统,通过对需要排序的后缀通过双向搜索,获得后缀位置,对所述后缀进行排序并进行信息更新的方式,通过在变换时间和资源消耗上的平衡,解决了原始BWT变换方法消耗资源大、压缩率低的问题。本发明能实现数据压缩速度快、简单,且使用资源比较合理,能节省大量资源。
搜索关键词: 一种 bwt 实现 方法 后缀 进行 排序 系统
【主权项】:
一种BWT实现方法中对后缀进行排序的方法,其特征在于,包括:步骤1,从BWT的待变换序列中取出需要排序的后缀;步骤2,判断以所述后缀的开头元素的,作为断首元素的段在后缀链表中是否出现过,所述后缀的开头元素的ASC Ⅱ值为i,如果寄存器appear[i]=1,则出现过,执行步骤3;如果寄存器appear[i]=1,则未出现过,执行步骤4,其中appear[i]代表以ASC Ⅱ表中数字i代表的元素为段首元素的段是否已经出现过的标识;步骤3,在段内进行双向搜索,获得所述后缀在所述后缀链表中的位置,然后执行步骤5;步骤4,在所述后缀表中进行双向搜索,搜索到离所述后缀最近的在所述后缀链表中存在的段,根据所述段获得所述后缀在所述后缀链表中的位置,其中所述段是以相同元素开头的后缀按从小到大顺序组成的序列,然后执行步骤5;步骤5,将所述后缀插入后缀链表:将所述后缀的段的高地址上所有后缀右移一位,将所述高地址所在的位置空出,然后在所述高地址后缀所在的位置上插入所述后缀,然后执行步骤6;步骤6,更新所述后缀链表以及段的信息,其中所述后缀链表由后缀段组成,并按照段首元素从小到大顺序排列的,所述段首元素是每个段里面后缀的开头元素。
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