[发明专利]一种基于串联质谱鉴定蛋白质磷酸化修饰位点的方法

摘要

本发明提供了一种基于串联质谱鉴定蛋白质磷酸化修饰位点的方法。本发明结合串联质谱mgf格式数据（mascotgenericfile）与Mascot以及pFind数据库搜索程序结果数据，采用Perl语言程序编程，对鉴定的蛋白质磷酸化修饰位点进行快速的重新定位，重新定位后的蛋白质磷酸化修饰位点采用新的得分算法，具有更高的可信度。本发明还实现了蛋白质磷酸化修饰位点相关质谱图的快速自动化的批量导出。本发明具有操作简单，修饰位点定位信息可信度高以及提取的质谱图分辨率高等优点，在蛋白质组学研究领域具有良好的应用前景。

主权项

一种基于串联质谱鉴定蛋白质翻译后修饰位点的方法，其步骤是：磷酸肽的数据库检索：步骤1、利用开源免费软件ProteoWizard将质谱采集的原始数据转化为可视化的mgf格式的数据；步骤2、利用MASCOT数据库以及pFind数据库进行检索，筛选FDR 值小于1%的磷酸化修饰肽段；蛋白质磷酸化修饰位点重新定位及评估：    步骤1、数据的预处理：使用perl语言程序编写的数据处理程序，处理质谱mgf格式数据；步骤2、蛋白质磷酸化修饰位点重新定位及评估：使用perl语言程序编写的蛋白质磷酸化修饰位点重新定位与评估程序，处理MASCOT以及pFind数据库检索结果文件，通过解析MASCOT以及pFind数据库检索结果文件，获取所有磷酸化肽段信息，包括磷酸化肽段谱图名称，磷酸化肽段序列及分子量，磷酸化修饰位点数，磷酸化肽段价态，根据文献中报道的评估磷酸化修饰位点方法，利用上一步过滤的数据以及磷酸化肽段信息，重新计算匹配的b或y系列离子，采用以下公式对修饰位点进行新的打分计算：p_value = (k!/(n!(n‑k)!) * pk * (1‑p)(n‑k) = (k!/(n!(n‑k)!) * 0.04k * 0.96(n‑k)Score = ‑10*Log10(p)；其中n为磷酸化肽段所有匹配的b或y系列离子数，k为所有匹配的有磷酸化修饰的b或y系列离子数；，p_value为重新定位后的磷酸化修饰位点可信度值，Score即为重新定位后磷酸化修饰位点对应的得分，对数据库鉴定到的蛋白质磷酸化修饰位点进行重新定位和评估；蛋白质磷酸化修饰位点谱图提取：步骤1、与步骤2）中数据预处理方法一样：使用perl语言程序编写的数据处理程序，处理质谱mgf格式数据；步骤2、蛋白质磷酸化修饰位点谱图提取：使用perl语言程序编写的蛋白质磷酸化修饰位点谱图提取程序，利用磷酸化修饰位点定位方法，将重新匹配的b或y系列离子以及重新定位的磷酸化修饰位点注释谱图，自动提取重新定位的蛋白质磷酸化修饰位点对应的谱图。