[发明专利]一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法有效
| 申请号： | 201310176240.2 | 申请日： | 2013-05-14 |
| 公开（公告）号： | CN103258145A | 公开（公告）日： | 2013-08-21 |
| 发明（设计）人： | 曾理;成杰峰;孟金涛;涂志兵;冯圣中 | 申请（专利权）人： | 中国科学院深圳先进技术研究院 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 深圳市科进知识产权代理事务所(普通合伙) 44316 | 代理人： | 宋鹰武 |
| 地址： | 518055 广东省深圳*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明涉及基因测序技术领域，提供了一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法，包括：S1.并行构建分布式De Bruijn图；S2.剔除错误路径；S3.基于深度图遍历方法对De Bruijn图进行化简；S4.合并contig，生成scaffold；S5.输出scaffold。本发明基于集群系统，并行构造De Bruijn图，解决了大基因组拼接时由于其数据量太大，传统单机串行的基因拼接算法无法构图和无法进一步处理的问题；同时，在化简过程中，进行基于深度图遍历的并行化简，图化简过程简单，并行度高，拼接速度快。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 de bruijn 并行 基因 拼接 方法 | ||
【主权项】：
一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法，其特征在于，包括：S1、并行构建分布式De Bruijn图；S2、剔除错误路径；S3、基于深度图遍历方法对De Bruijn图进行化简；S4、合并contig，生成scaffold；S5、输出scaffold。
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