[发明专利]基于FK506生产菌筑波链霉菌基因组尺度代谢网络模型指导下次级途径改造方法有效
| 申请号： | 201310187310.4 | 申请日： | 2013-05-20 |
| 公开（公告）号： | CN103279689A | 公开（公告）日： | 2013-09-04 |
| 发明（设计）人： | 闻建平;黄笛;夏梦雷 | 申请（专利权）人： | 天津大学 |
| 主分类号： | G06F19/12 | 分类号： | G06F19/12 |
| 代理公司： | 天津市北洋有限责任专利代理事务所 12201 | 代理人： | 王丽 |
| 地址： | 300072 天*** | 国省代码： | 天津;12 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于FK506生产菌筑波链霉菌基因组尺度代谢网络模型指导下次级途径改造方法，模型基于注释基因和生理生化信息，通过与天蓝色链霉菌（Streptomyces coelicolor）基因组比较分析，发现代谢基因是高度保守的；对基因组尺度代谢网络进行代谢通量分析，模型预测了提高生产水平的突变菌次级途径基因簇改造策略。本发明采用基因组尺度代谢网络模型预测FK506菌株次级途径基因簇特殊结构基因的改造方法，改造后菌株的生产水平提高了20%-90%。扩增基因簇中的特殊结构基因来提高生产能力，在微生物免疫抑制剂生产菌株的次级途径理性改造中有较大的应用价值，为菌株优化提供一种高效、系统的方法。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 fk506 生产 菌筑波链 霉菌 基因组 尺度 代谢 网络 模型 指导 次级 途径 改造 方法 | ||
【主权项】：
一种基于FK506生产菌筑波链霉菌基因组尺度代谢网络模型指导下次级途径改造方法，其特征步骤如下：1)模型基于注释基因和生理生化信息，通过与天蓝色链霉菌（Streptomyces coelicolor）基因组比较分析，发现代谢基因是高度保守的；2)对基因组尺度代谢网络进行代谢通量分析，模型预测了提高生产水平的突变菌次级途径基因簇改造策略。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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