[发明专利]一种根结线虫分子鉴定引物集及其制备方法与应用

摘要

本发明提供了一种根结线虫分子鉴定引物集，通过如下方法获得：利用预测的南方根结线虫蛋白序列分别与南方根结线虫基因组和北方根结线虫基因组比对，设置比对序列的相似度即percent参数为75，得到单拷贝基因；将单拷贝基因蛋白序列分别与南方根结线虫基因组和北方根结线虫基因组比对，设置比对序列的相似度即percent参数为85，筛选在两个基因组中均保守的单拷贝基因；筛选两者内含子长度差异值大于200bp的基因；基于差异内含子两侧的外显子序列设计引物。大量引物的提供增加了检测的准确性，这些引物的PCR产物通过琼脂糖凝胶电泳差异在200bp以上，可以很方便的分辨出来。

主权项

一种根结线虫分子鉴定引物集，其特征在于通过如下方法制备：a、从南方根结线虫和北方根结线虫的基因组数据库下载所述两个线虫的基因组数据和预测基因的蛋白序列，利用预测的所述南方根结线虫蛋白序列分别与所述南方根结线虫基因组和所述北方根结线虫基因组比对，设置比对序列的相似度即percent参数为75，过滤多拷贝的同源基因家族，得到单拷贝基因，提取所述两个基因组中所述单拷贝基因序列信息；b.将所述单拷贝基因蛋白序列分别与所述南方根结线虫基因组和所述北方根结线虫基因组比对，设置比对序列的相似度即percent参数为85，保证所述单拷贝基因在所述根结线虫基因组中的高度保守性，从比对结果中筛选在所述两个基因组中均保守的所述单拷贝基因；c.提取所述保守的单拷贝基因在所述南方根结线虫基因组和所述北方根结线虫基因组中染色体位置信息，计算所述保守单拷贝基因相应内含子的长度，筛选两者内含子长度差异值大于200bp的基因；d.提取内含子长度差异值大于200bp的所述基因对应的外显子序列，基于差异内含子两侧的所述外显子序列批量设计引物。