[发明专利]一种SSR标记引物设计方法、小麦SSR标记引物有效
申请号: | 201310579379.1 | 申请日: | 2013-11-18 |
公开(公告)号: | CN103571833A | 公开(公告)日: | 2014-02-12 |
发明(设计)人: | 罗培高;李鑫;陈万权;张敏;任正隆;张怀渝 | 申请(专利权)人: | 四川农业大学 |
主分类号: | C12N15/11 | 分类号: | C12N15/11;C12N15/10;G06F19/20;C12Q1/68 |
代理公司: | 成都赛恩斯知识产权代理事务所(普通合伙) 51212 | 代理人: | 张帆 |
地址: | 611130 四川省成都市*** | 国省代码: | 四川;51 |
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摘要: | 本发明公开了SSR标记引物设计方法。针对现有SSR标记引物多态性不足的缺陷,本发明提供了一种基于基因组草图序列设计新SSR标记引物的方法。本方法首先选择一位点已知的SSR标记引物作为起始SSR标记引物,其次将起始SSR标记引物与其所在染色体草图序列进行序列比对查找比对结果中的片段重叠群,然后搜寻片段重叠群中的SSR序列作为结果SSR序列,最后根据结果SSR序列设计SSR标记引物。本发明还提供了14对新的与小麦条锈病抗性有关的SSR标记引物,其中5对在供试遗传群体中产生多态性;以及以L693×L661和L661×L693F2单株作为作图群体的小麦遗传图谱构建方法。本发明方法可快速增加已知位点SSR标记引物的数量,增加SSR标记多态性,与基因初定位相结合可以快速加密遗传图谱。 | ||
搜索关键词: | 一种 ssr 标记 引物 设计 方法 小麦 | ||
【主权项】:
一种SSR标记引物设计方法,其特征在于:依照如下步骤实施: 步骤S1、选择一位点已知的SSR标记引物作为起始SSR标记引物; 步骤S2、将起始SSR标记引物与其所在染色体草图序列进行序列比对,比对精度不低于95%,查找比对结果中的片段重叠群; 步骤S3、搜寻步骤S2查找到的片段重叠群中的SSR序列作为结果SSR序列; 步骤S4、根据该结果SSR序列与其左右两侧序列设计扩增引物,得到结果SSR标记引物。
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