[发明专利]基于遗传算法的植物品种真实性鉴定位点筛选方法

摘要

本发明属计算机方法和生物技术的交叉领域，涉及一种基于遗传算法的植物品种真实性鉴定位点筛选方法，具体步骤为1）编码待选位点；2）设定参数并形成初始种群；3）将本世代群体解码为位点集合筛选方案；4）计算适应度；5）选择；6）交叉；7）变异；8）世代更替；9）输出结果。本发明可简写为GA-AVI。该方法充分利用遗传算法在优化问题求解方面的优势，根据植物品种真实性鉴定的特点，定义植物品种识别率的统计方法，设计遗传算法适应度函数和约束条件，构建适用于植物品种真实性鉴定位点组合筛选的遗传算法模型。本发明提出一种在海量的位点组合中快速、简单、有效的筛选出位点组合的方法，为分子标记位点组合的优化提供依据。

主权项

一种基于遗传算法的植物品种真实性鉴定位点筛选方法，其特征在于，具体步骤如下：1）以自动排序且不重复的方式编码待筛选分子标记位点；2）按照拟选分子标记位点的个数设定染色体基因位点长度，设置每一代群体的大小、拟演化的世代数、杂交率和变异率，并产生初始种群；3）将本世代群体中的全部染色体实数编码形式的数据转化为分子标记位点集合筛选方案；4）以适应度函数计算适应度；5）根据适应度函数计算结果选择新一代群体；6）计算染色体交叉对新世代染色体带来的影响；7）计算染色体变异对新世代染色体带来的影响；8）进行世代更替，即循环步骤3）‑7）直到世代数满足步骤2）的设定；9）输出结果，从已产生的所有世代群体中挑选适应度最高的个体作为最优的用于真实性鉴定的分子标记位点组合方案。