[发明专利]基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法

摘要

本发明提供一种基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法，包括：获得绿豆全基因组转录本的集合，形成序列数据库；用Trinity将测序序列拼接成一个转录组，取每条基因中最长的转录本作为Unigene；Unigene序列生物信息学分析；采用MISA1.0对Unigene进行SSR检测；用Primer3进行SSR引物设计，并进行SSR引物多态性鉴定。应用本方法成功设计了13134对SSR引物，从中随机选取50对引物对来源于不同国家共8份绿豆DNA进行验证，其中多态引物共有32对，利用这32对SSR引物可以区分不同地理来源的绿豆材料。本发明方法方便、快捷、准确且成本低廉，为绿豆SSR引物开发提供了新思路。

主权项

一种基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法，其特征在于，包括以下步骤：1）构建转录组文库：提取绿豆叶片总RNA，分离出mRNA，反转录并合成双链cDNA，纯化cDNA，在cDNA末端添加腺嘌呤核苷并连接测序接头，然后通过琼脂糖凝胶电泳回收200‑700bp片段，对回收片段进行PCR扩增，即构建得到转录组文库；2）对上述转录组文库进行测序，利用软件Trinity将测序序列拼接成一个完整的转录组，取每条基因中最长的转录本作为Unigene，并对Unigene序列进行生物信息学分析；3）采用软件MISA1.0对上述Unigene进行SSR检测；4）采用软件Primer3进行SSR引物设计，并鉴定SSR引物的多态性。