[发明专利]一种PBR1基因标记筛选防治根肿病潜在菌株的方法

摘要

本发明公开一种PBR1基因标记筛选防治根肿病潜在菌株的方法。该方法从待测菌株组织中提取基因组DNA，以提取的基因组DNA为模板，用PBR1引物进行PCR扩增，获得PCR产物，用1％琼脂糖凝胶对PCR扩增产物进行电泳检测，选择电泳单条带约753bp的PCR产物进行测序得待测菌株的核苷酸序列与PBR1基因标记的核苷酸序列的同源性在98%以上，并且包含一个开放阅读框，则将待测菌株的核苷酸序列翻译得到氨基酸序列与抗菌蛋白PBR1的氨基酸序列进行比对，如果待测菌株的氨基酸序列与所述抗菌蛋白PBR1的氨基酸序列的同源性为100%，则该待测菌株为防治根肿病潜在菌株。该方法准确性高，操作简便、快速。 

主权项

一种PBR1基因标记筛选防治根肿病潜在菌株的方法，包括以下步骤：（1）从待测菌株组织中提取基因组DNA，以提取的基因组DNA为模板，用PBR1引物进行PCR扩增，获得PCR产物，用1％琼脂糖凝胶对PCR扩增产物进行电泳检测，选择电泳单条带约753bp的PCR产物进行测序得待测菌株的核苷酸序列；所述的PBR1引物由上游引物PBR101和下游引物PBR102组成，所述的上游引物PBR101的碱基序列如序列表中SEQ ID NO：2所示，所述的下游引物PBR102的碱基序列如序列表中SEQ ID NO：3所示；（2）如果步骤（1）获得的待测菌株的核苷酸序列与PBR1基因标记的核苷酸序列的同源性在98%以上，并且包含一个开放阅读框，则将待测菌株的核苷酸序列翻译得到氨基酸序列与抗菌蛋白PBR1的氨基酸序列进行比对，如果待测菌株的氨基酸序列与所述抗菌蛋白PBR1的氨基酸序列的同源性为100%，则该待测菌株为防治根肿病潜在菌株；所述PBR1基因标记的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO：1所示，所述抗菌蛋白PBR1的氨基酸序列如SEQ ID NO：4所示。