[发明专利]基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法有效
| 申请号： | 201310670752.4 | 申请日： | 2013-12-10 |
| 公开（公告）号： | CN103699819A | 公开（公告）日： | 2014-04-02 |
| 发明（设计）人： | 孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中 | 申请（专利权）人： | 深圳先进技术研究院 |
| 主分类号： | G06F19/22 | 分类号： | G06F19/22 |
| 代理公司： | 深圳市科进知识产权代理事务所(普通合伙) 44316 | 代理人： | 沈祖锋;郝明琴 |
| 地址： | 518055 广东省深圳*** | 国省代码： | 广东;44 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明涉及基因测序技术领域，提供了一种基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法，包括：步骤A：读取测序数据源文件，构造多步双向De Bruijn图；步骤B：在所述多步双向De Bruijn图中对分叉顶点的变长kmer进行构造和统计；步骤C：在所述多步双向De Bruijn图中基于变长kmer查询的顶点扩展。本发明只选取一些分叉的顶点构建非常少的一些变长kmer，然后对这些分叉顶点进行定向解耦，无需对每种kmer长度都去构建一个De Bruijn图，可以方便快速地解决所有长度小于序列长度的repeat，最大化contig的长度和质量。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 双向 de bruijn 变长 kmer 查询 顶点 扩展 方法 | ||
【主权项】：
一种基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法，其特征在于，包括：步骤A：读取测序数据源文件，构造多步双向De Bruijn图；步骤B：在所述多步双向De Bruijn图中对分叉顶点的变长kmer进行构造和统计；步骤C：在所述多步双向De Bruijn图中基于变长kmer查询的顶点扩展。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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