[发明专利]与蛋白质相互作用的DNA骨架位置预测方法在审
| 申请号： | 201310690241.9 | 申请日： | 2013-12-12 |
| 公开（公告）号： | CN104715164A | 公开（公告）日： | 2015-06-17 |
| 发明（设计）人： | 李国辉;张鼎林 | 申请（专利权）人： | 中国科学院大连化学物理研究所 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 沈阳科苑专利商标代理有限公司 21002 | 代理人： | 许宗富 |
| 地址： | 116023 *** | 国省代码： | 辽宁;21 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明涉及与蛋白质相互作用的DNA骨架位置预测方法，包括以下步骤：DNA关键点的确定；DNA空间构象使用粗粒化统计势能函数大规模的搜索；针对第二步到的构象，使用精细的可极化力场对序列进行细选。本发明采用序列分析蛋白核酸界面残基，这些界面残基可以显著的减少关键格点，明显的提高搜索速度，使得搜索更具有针对性。 | ||
| 搜索关键词： | 蛋白质 相互作用 dna 骨架 位置 预测 方法 | ||
【主权项】：
与蛋白质相互作用的DNA骨架位置预测方法，其特征在于包括以下步骤：根据蛋白质序列通过dp‑bind软件得到核酸界面残基信息；将目标蛋白质所在的三维坐标系按设定长度分割形成立方体格点；使用粗粒化探针在目标蛋白质周围的立方体格点上计算能量，并记录格点位置和能量；根据能量筛选格点确定作为放置DNA起点的候选位置，只保留距离界面残基在设定距离内能量小于阈值的格点作为关键格点；结合DNA构象特征对关键格点进行起点和方向的搜索得到备选DNA骨架位置，并采用统计势能粗粒化函数筛选得到DNA骨架位置；再通过可极化力场进行序列筛选得到最终骨架位置的序列。
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