[发明专利]一种基于串联质谱鉴定蛋白质乙酰化修饰位点的方法

摘要

本发明公开了一种基于串联质谱鉴定蛋白质乙酰化修饰位点的方法，本发明首先进行乙酰化修饰肽段的数据库检索，即利用开源软件将质谱采集的原始数据转化为可视化格式的数据，并利用MASCOT或pFind检索程序进行数据库检索，筛选假阳性概率FDR值小于1%的乙酰化修饰肽段；其次，对鉴定获得的蛋白质乙酰化修饰位点重新定位及评估；最后，提取蛋白质乙酰化修饰位点对应的高分辨率的质谱图。本发明具有操作简单，修饰位点定位信息可信度高以及提取的质谱图分辨率高等优点，在蛋白质组学研究领域具有良好的应用前景。

主权项

一种基于串联质谱鉴定蛋白质乙酰化修饰位点的方法，步骤如下：1)乙酰化修饰肽段的数据库检索：步骤1、利用开源软件ProteoWizard将质谱采集的原始数据转化为可视化的mgf格式的数据；步骤2、利用MASCOT以及pFind检索程序进行数据库检索，筛选假阳性概率FDR值小于1%的乙酰化修饰肽段；2)蛋白质乙酰化修饰位点重新定位及评估：步骤1、质谱峰选择：使用perl语言程序编写的程序，处理质谱标准数据格式文件，选择质谱有效峰，过滤噪音基线；在二级质谱数据中，采取每100个质荷比区间，选取四个最高的二级质谱峰策略，过滤数据；步骤2、蛋白质乙酰化修饰位点重新定位及评估：使用perl语言程序编写的蛋白质乙酰化修饰位点重新定位与评估程序，处理MASCOT以及pFind数据库检索结果文件，通过解析MASCOT以及pFind数据库检索结果文件，获取所有乙酰化肽段信息，包括乙酰化肽段谱图名称，乙酰化肽段序列及分子量，乙酰化修饰位点数，乙酰化肽段价态，根据文献中报道的评估乙酰化修饰位点方法，结合上一步过滤的数据以及乙酰化肽段信息，重新计算匹配的b或y系列离子，采用以下公式对修饰位点进行新的打分计算：p_value= (k!/(n!(n‑k)!) * pk* (1‑p)(n‑k) = (k!/(n!(n‑k)!) * 0.04k * 0.96(n‑k)Score = ‑10*Log10(p)其中n为乙酰化肽段所有匹配的b或y系列离子数，k为所有匹配的有乙酰化修饰的b或y系列离子数；p_value为重新定位后的乙酰化修饰位点可信度值，Score为重新定位后乙酰化修饰位点对应的得分；对数据库鉴定到的蛋白质乙酰化修饰位点进行重新定位和评估；3)蛋白质乙酰化修饰位点对应谱图的提取：步骤1、采用上述步骤2）中相同方法选择有效质谱峰，使用perl语言程序编写程序，处理质谱标准数据格式文件，选择质谱有效峰，过滤噪音基线；在二级质谱数据中，采取每100个质荷比区间，选取四个最高的二级质谱峰策略，过滤数据；步骤2、蛋白质乙酰化修饰位点对应谱图的提取：使用perl语言程序编写的蛋白质乙酰化修饰位点谱图提取程序，利用乙酰化修饰位点定位方法，将重新匹配的b或y系列离子以及重新定位的乙酰化修饰位点注释谱图，并自动提取重新定位的蛋白质乙酰化修饰位点对应的谱图，最终获得到高分辨率的质谱图。