[发明专利]百日咳和副百日咳杆菌药物靶点筛选方法

摘要

本发明公开百日咳和副百日咳杆菌药物靶点筛选方法，根据反向疫苗学理论和构建百日咳杆菌和副百日咳杆菌的蛋白质相互作用网络筛选针对二者的交叉保护抗原和药物靶点。应用反向疫苗学理论和生物信息学方法以及DNA芯片数据从3436个ORFs中初步筛选到最后191个候选抗原。它们都符合以下标准（1）在百日咳杆菌和副百日咳杆菌都高度表达，或者与百日咳的致病和毒力密切相关；（2）都暴露在细菌的表面；（3）不与宿主同源，不会对宿主产生危害；（4）在165株百日咳杆菌和副百日咳杆菌中高度保守。这大大减少了实验的工作量和时间，并将直接促进百日咳新疫苗的发展。

主权项

?百日咳和副百日咳杆菌药物靶点筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：（1）挑选百日咳杆菌和副百日咳杆菌的基因表达谱鉴定出来的高度表达基因和致病因子或毒力因子作为初步的疫苗候选抗原，所述高度表达基因是指相对荧光信号值超过整个芯片所有杂交点的荧光信号强度的中值，就相当于这个基因在每个细胞至少有?10－20mRNA?分子拷贝数；（2）选择细菌胞质蛋白和跨膜结构超过4个的内膜蛋白，并且胞质蛋白被SignalP?3.0预测无信号肽，被TMHMM预测没有跨膜结构；内膜蛋白的跨膜结构数目也是由TMHMM鉴定；（3）以人的全部蛋白质序列为数据库，使用BLASTP程序，用百日咳杆菌全部蛋白质序列和人的全部蛋白质序列进行比对，确定两个蛋白同源的标准是E?value值低于1e?10,以及同源序列不能低于蛋白序列的总长的30%。