[发明专利]基于种特有序列的检测或辅助检测待测菌株的方法

摘要

本发明公开了一种基于种特有序列的检测或辅助检测待测菌株的方法。本发明提供了一种基于种特有序列的检测或辅助检测待测菌株种属的方法，包括如下步骤：1）建立种特有基因片段数据库和待测菌株的基因片段集合；2）将步骤1）得到所述待测菌株的基因片段集合中的所有片段和所述种特有基因片段数据库中的各个菌株中的种特有基因片段分别进行比对，计算比对比例，选取最大比对比例对应的菌株隶属的种属为或候选为待测菌株隶属的种属；本发明的实验证明，本发明通过建立细菌基因组种特有基因片段数据库，依托细菌基因组初步测序结果，可实现对多种未知细菌性病原体的快速鉴定和检测，检测速度快、灵敏度高、特异性好。

主权项

1.一种基于种特有序列的检测或辅助检测待测菌株种属的方法，包括如下步骤：1）建立菌株的种特有基因片段数据库和待测菌株的基因片段集合；所述建立菌株的种特有基因片段数据库的方法包括如下步骤：(1)、从NCBI的ftp服务器下载已完成全基因组测序菌株全基因组序列，生成下载文件，所述下载文件记载每个菌株的基因组序列；(2)、对所述每个菌株的基因组序列以长度l_subseq为界进行切分，找出基因组中所有的连续l_subseq个碱基组成的基因片段库，将每个菌株所述基因片段库进行去冗余，得到每个菌株基因片段集合，记作S_{strain_k},strain_k为第k株菌；所述长度其中N为下载的所有菌株的基因组序列中最长的基因组序列的长度；所述去冗余为将每个菌株的基因片段库中重复出现的基因片段只保留一份；(3)、将隶属于同一个菌种的所述每个菌株基因片段集合进行合并，得到每个菌种基因片段集合，记作S_{specie_i}；(4)、将所述每个菌种基因片段集合与所述下载文件中除了该菌种之外其他所有菌种的基因片段集合进行差集比较，选取所述每个菌种基因片段集合中不与任一个其他菌种的基因片段集合重叠的基因片段作为该菌种种特有基因片段集合，记作S_{unique_i}；(5)、根据步骤(4)得到的每个菌种种特有基因片段集合和步骤(2)得到的每个菌株基因片段集合，将每个菌株基因片段集合与其隶属的菌种的种特有基因片段集合进行交集，得到各个菌株中的种特有基因片段集合，记作S_{sInUnique_k}；所述待测菌株的基因片段集合的建立方法包括如下步骤：A、提取所述待测菌株的基因组DNA，测序，得到未拼接的基因组DNA序列；B、将所述未拼接的基因组DNA序列按照所述（2）的步骤进行切分和去冗余，得到待测菌株的基因片段集合；2）将步骤1）得到所述待测菌株的基因片段集合中的所有片段和所述各个菌株中的种特有基因片段分别进行比对，计算比对比例，将所述各个菌株按照比对比例由大到小的顺序排列，选取最大比对比例对应的菌株隶属的种属为或候选为待测菌株隶属的种属；所述比对比例为E/F，所述E为所述待测菌株的基因片段集合中与各个菌株中的种特有基因片段相同的片段个数，所述F为各个菌株的种特有基因片段个数。