[发明专利]通过差异杂交进行的STR基因分型

摘要

在一种推导基因组样品中所选短串联重复序列(STR)中的重复单元数目的方法中，提供了由包含所选STR的基因组样品所生成的至少一条单链目标DNA、一个STR探针(P1,P1’)、一个参考探针(P2)和两个封闭物(B1,B2)，并进行了至少三个差异杂交实验，基于此确定了每个差异杂交实验中每条目标DNA链上结合的STR探针寡核苷酸(P1,P1’)的数目。所述方法还包括比较差异杂交实验中每条目标DNA链上结合的STR探针寡核苷酸(P1,P1’)的数目，用于推导单链目标DNA链上所选STR上的重复单元数目。还公开了用于通过差异杂交实施STR基因分型的试剂盒。

主权项

一种推导基因组样品中所选短串联重复序列(STR)中重复单元数目的方法，所述方法包括以下步骤：a)提供至少：a1)从包含所选STR的基因组样品中生成的单链目标DNA；a2)带第一荧光标签的STR探针(P1,P1’)，至少一个STR探针(P1,P1’)为包含与所述单链目标DNA上所选STR上确定数目的重复单元互补的序列的寡核苷酸；a3)带第二荧光标签的参考探针(P2)，所述第二荧光标签与所述第一荧光标签不同，所述参考探针(P2)为包含与所述单链目标DNA上所选STR的5’或3’旁侧序列互补的序列的寡核苷酸；a4)两个封闭物(B1,B2)，其为寡核苷酸，其特征在于，第一封闭物(B1)包含与所述STR的5’旁侧区域内序列以及与所述5’旁侧区域相邻的至少一个STR重复单元互补的序列，第二封闭物(B2)包含与所述STR的3’旁侧区域内序列以及与所述3’旁侧区域相邻的至少一个STR重复单元互补的序列；b)进行至少以下三个差异杂交实验，各实验中将一定量的所述单链目标DNA与以下物质混合：b1)所述至少一个STR探针(P1,P1’)和所述参考探针(P2)，在第一差异杂交实验中与所述单链目标DNA杂交；b2)所述至少一个STR探针(P1,P1’)、所述参考探针(P2)和所述至少两个封闭物(B1,B2)其中之一，在第二差异杂交实验中与所述单链目标DNA杂交；以及b3)所述至少一个STR探针(P1,P1’)、所述参考探针(P2)和所述两个封闭物(B1,B2)，在第三差异杂交实验中与所述单链目标DNA杂交；c)测量各差异杂交实验中结合到所选STR的重复单元上的所述至少一个STR探针(P1,P1’)所提供的荧光强度；d)测量各差异杂交实验中结合到所述单链目标DNA的旁侧序列之一上的所述参考探针(P2)所提供的荧光强度；e)对每个差异杂交实验，将步骤c)中测得的所述至少一个STR探针(P1,P1’)的荧光强度与步骤d)中测得的所述参考探针(P2)的荧光强度相关联，从而确定各差异杂交实验中每个目标DNA链上所结合的STR探针寡核苷酸(P1,P1’)的数目，以及f)比较各差异杂交实验中每个目标DNA链上所结合的STR探针寡核苷酸(P1,P1’)的数目，用于推导所述单链目标DNA链上所选STR中重复单元的数目。