[发明专利]并行局部序列对齐

摘要

此处描述的各种技术关于将查询序列与数据库序列对齐的并行局部序列对齐。数据库序列被分段成多个带。第一处理单元可以基于一成本函数为数据库序列的第一带跨查询序列计算Smith-Waterman值，该成本函数对序列间的生物相似性建模。此外，第二处理单元可以基于该成本函数为数据库序列的第二带跨该查询序列计算Smith-Waterman值。而且，数据库序列的第二带跨该查询序列的Smith-Waterman值的子集可以基于该成本函数来重新计算(例如，由第一处理单元或第二处理单元)。要被重新计算的Smith-Waterman值的子集可以基于查询序列长度和成本函数来确定。

主权项

一种被配置成由第一处理单元执行的方法，所述方法包括：获得用于和数据库序列对齐的查询序列，其中所述查询序列包括具有查询序列长度的符号串，其中所述数据库序列包括具有数据库序列长度的符号串，且其中所述数据库序列被至少分段成第一带和第二带；使用所述第一处理单元来基于一成本函数为所述数据库序列的所述第一带跨所述查询序列计算Smith‑Waterman值，所述成本函数对序列间的生物相似性建模，其中所述数据库序列的所述第二带跨所述查询序列的Smith‑Waterman值用第二处理单元来计算；以及使用所述第一处理单元来基于所述成本函数为所述数据库序列的所述第二带跨所述查询序列重新计算所述Smith‑Waterman值的子集，其中要被重新计算的所述Smith‑Waterman值的所述子集基于所述查询序列长度和所述成本函数来确定。