[发明专利]基于RCA的局部扩增方法

摘要

本发明提供了用于进行包括至少两轮RCA的局部RCA反应的方法，其中将第二RCA反应的产物附着并从而局限于第一RCA反应的产物，所述方法包括：(a)提供第一RCA产物；(b)将包含或提供用于第二RCA反应的引物的探针与所述第一RCA产物直接或间接杂交；和(c)使用(b)的所述RCA引物进行第二RCA反应以形成第二RCA产物，其中在所述反应中：(i)所述探针和所述引物不能引发使用所述第一RCA产物作为模板的延伸，或限制任何所述延伸以避免与所述第一RCA产物杂交的任何探针的置换；(ii)维持(b)的所述RCA引物与所述第一RCA产物的直接或间接杂交并且，依靠所述杂交，所述第二RCA产物附着于所述第一RCA产物；(iii)用于所述第二RCA反应的RCA模板包含在所述探针中或由所述探针提供，或被单独提供。所述方法在分析物的检测中是特别有用的，其中所述分析物为核酸或其中核酸用作或产生为所述分析物的标志物。

主权项

1.一种用于进行包括至少两轮RCA的局部RCA反应的方法，其中第二RCA反应的产物附着并从而局限于第一RCA反应的产物，所述方法包括：(a)提供第一RCA产物；(b)将探针与所述第一RCA产物直接或间接杂交，其中所述探针包含或提供用于第二RCA反应的引物，和(c)使用(b)的所述RCA引物进行第二RCA反应以形成第二RCA产物，其中在所述反应中：(i)所述探针和所述引物不能引发使用所述第一RCA产物作为模板的延伸，或限制任何所述延伸以避免与所述第一RCA产物杂交的任何探针的置换，其中：(A)如果所述探针包含或释放不与所述第一RCA产物杂交的游离3’末端，所述探针在所述探针或引物的3’末端和所述杂交的区之间包含一个或多个经修饰的区，所述经修饰的区用于抑制3'核酸外切酶降解返回至与所述第一RCA产物杂交的所述探针的区，(B)如果所述探针包含与所述第一RCA产物杂交的3’末端并且所述3’末端不是连接所需的，所述探针在所述3’末端上或其附近包含修饰，所述修饰用于抑制从探针3'末端的延伸，或(C)如果所述探针包含与所述第一RCA产物杂交并且是连接所需的3’末端，所述探针在杂交的可连接的5’末端上或其附近被修饰，以包含置换阻断区，以抑制所述探针与所述第一RCA产物的链置换，和/或使用与所述第一RCA产物杂交的阻断性寡核苷酸，以防止可能从探针的3'末端发生的任何延伸延伸进入和置换任何下游探针，以避免与所述第一RCA产物杂交的任何探针的置换；(ii)维持(b)的所述RCA引物与所述第一RCA产物的直接或间接杂交并且，依靠所述杂交，所述第二RCA产物附着于所述第一RCA产物；(iii)用于所述第二RCA反应的RCA模板包含在所述探针中或由所述探针提供，或被单独提供。