[发明专利]生物标记鉴定方法和系统

摘要

本发明通过设计与口腔微生物群落分析结合的一种减退‑发展模型提供了一种鉴定指示受试哺乳动物的状况的生物标记的方法，其中所述状况选自第一疾病的存在、第一疾病的严重性、对第一疾病的敏感性以及它们的组合。还提供了一种鉴定指示受试哺乳动物的状况的生物标记的计算机辅助系统。

主权项

一种鉴定指示受试哺乳动物的状况的生物标记的方法，所述方法包括以下步骤：a) 选择具有第一疾病的第一组测试哺乳动物；其中所述第一疾病是齿龈炎；b) 获取第一口腔样品，所述第一口腔样品包含来自所述具有第一疾病的第一组测试哺乳动物中的每一个哺乳动物的第一微生物群落，其中所述第一微生物群落包含一种或多种微生物类型；c) 治疗已进行第一口腔取样的所述具有第一疾病的第一组测试哺乳动物中的每一个哺乳动物达21天，以便消除或减少所述第一疾病；d) 获取第二口腔样品，所述第二口腔样品包含来自已进行治疗的第一组测试哺乳动物中的每一个哺乳动物的第二微生物群落，其中所述第二微生物群落包含一种或多种微生物类型；e) 通过避免口腔卫生操作达21天使所述第一疾病在已进行第二口腔取样的所述第一组测试哺乳动物中的每一个哺乳动物中复发；f) 获取第三口腔样品，所述第三口腔样品包含来自已复发所述第一疾病的第一组测试哺乳动物中的每一个哺乳动物的第三微生物群落，其中所述第三微生物群落包含一种或多种微生物类型；g) 通过16S rRNA分析测量所述第一口腔样品、第二口腔样品和第三口腔样品以分别获得在所述第一微生物群落、第二微生物群落和第三微生物群落中的一种或多种微生物类型的丰度；h) 跨所述第一组测试哺乳动物对所获得的在第一微生物群落、第二微生物群落和第三微生物群落中的一种或多种微生物类型的丰度进行统计学分析，以鉴定其丰度与所述第一组测试哺乳动物的状况具有统计显著性的相关性的那些微生物类型为第一组微生物类型，其中所述状况选自：所述第一疾病的存在、所述第一疾病的严重性、对所述第一疾病的敏感性以及它们的组合；i) 从所述第一组微生物类型中选择一种或多种微生物类型作为指示所述受试哺乳动物的状况的生物标记。