[发明专利]一种基因组测序数据序列组装方法有效
| 申请号： | 201410177319.1 | 申请日： | 2014-04-29 |
| 公开（公告）号： | CN104751015B | 公开（公告）日： | 2017-08-29 |
| 发明（设计）人： | 孙际宾;李澎鹏;郑平;马延和 | 申请（专利权）人： | 中国科学院天津工业生物技术研究所 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 天津滨海科纬知识产权代理有限公司12211 | 代理人： | 韩敏 |
| 地址： | 300308 天津*** | 国省代码： | 天津;12 |
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| 摘要： | 本发明实施例提供了一种基因组测序数据序列组装方法，可以简便而准确地实现基因组测序数据序列的组装。该方法包括根据序列片段之间的重叠关系，构建重叠关系图G以及反向互补图G’；任取重叠关系图G中的未被检查过的节点nx，以任意方向D遍历G和G’；判断任意方向D中是否存在一节点ny与节点nx有连接关系；如果存在，则继续判断在方向D中的节点ny与节点nx是否为双向唯一关系；当所述节点ny与节点nx为双向唯一关系时，将所述节点ny与nx的关系判定为可信连接关系；否则，将所述节点ny与nx的所有关系判定为不确认连接关系。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基因组 序数 序列 组装 方法 | ||
【主权项】：
一种基因组测序数据序列组装方法，其特征在于，包括：根据序列片段之间的重叠关系，构建重叠关系图G以及反向互补图G’；任取重叠关系图G中的未被检查过的节点nx，以任意方向D遍历G和G’；判断任意方向D中是否存在一节点ny与节点nx有连接关系；如果存在，则继续判断在方向D中的节点ny与节点nx是否为双向唯一关系；当所述节点ny与节点nx为双向唯一关系时，将所述节点ny与nx的关系判定为可信连接关系；否则，将所述节点ny与nx的所有关系判定为不确认连接关系。
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G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
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G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
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