[发明专利]碱基序列对准系统及方法在审
| 申请号： | 201410196155.7 | 申请日： | 2014-05-09 |
| 公开（公告）号： | CN104424398A | 公开（公告）日： | 2015-03-18 |
| 发明（设计）人： | 朴旻壻 | 申请（专利权）人： | 三星SDS株式会社 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 北京铭硕知识产权代理有限公司 11286 | 代理人： | 韩芳;谭昌驰 |
| 地址： | 韩国*** | 国省代码： | 韩国;KR |
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| 摘要： | 本发明公开一种碱基序列对准系统及方法。根据本发明的一个实施例的碱基序列对准系统包括：精确匹配模块，用于执行输入的短片段(read)与参考序列(reference sequence)的精确匹配(exact matching)；二次匹配模块，当所述短片段无法精确匹配于所述参考序列时，通过考虑所述短片段与所述参考序列之间的错配(mismatch)而将所述短片段映射于所述参考序列；全局对准模块，当所述短片段无法通过所述二次匹配模块而得到映射时，执行所述短片段与所述参考序列的全局对准(global alignment)。 | ||
| 搜索关键词： | 碱基 序列 对准 系统 方法 | ||
【主权项】：
一种碱基序列对准系统，包括：精确匹配模块，用于执行输入的短片段对于参考序列的精确匹配；二次匹配模块，当所述短片段无法精确匹配到所述参考序列时，通过考虑所述短片段与所述参考序列之间的错配而将所述短片段映射到所述参考序列；全局对准模块，当通过所述二次匹配模块无法映射所述短片段时，执行所述短片段对于所述参考序列的全局对准。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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