[发明专利]利用全基因组和EST数据开发多态性EST‑SSR标记的方法

摘要

本发明公开了利用全基因组和EST数据开发多态性EST‑SSR标记的方法，属于分子生物学领域。本发明首先获取基因组序列与EST数据；接着在全基因组中搜索SSR位点，并鉴定、筛选基因组单一SSR位点；然后设计单一SSR位点比对引物，以EST序列数据为模版进行比对；统计比对结果，筛选在EST模板中有2个以上模拟扩增产物且具有多态性的SSR位点；最后设计多态性EST‑SSR位点引物，得到多态性EST‑SSR标记。利用本发明开发EST‑SSR标记高效、简便，并且能防止因供验证的基因组序列或实验材料遗传差异不足而淘汰掉具有潜在利用价值的EST‑SSR标记。所开发的EST‑SSR标记与单一基因紧密关联，具有更高的遗传与育种应有价值。

主权项

利用全基因组和EST数据开发多态性EST‑SSR标记的方法，其特征在于，包括下述步骤：①获取基因组序列与EST数据，从公共数据库下载基因组序列数据、相应的基因注释信息和EST数据，用基因组注释信息进行基因组外显子、内含子序列分析，选取基因TSS转录起始位点前2000bp作为启动子序列；②将步骤①获得的全基因组数据进行SSR位点搜索与分析，采用MISA程序扫描全基因组染色体DNA序列，搜索、分析基因组序列中包含的SSR位点；③单一SSR位点筛选，采用Perl编写程序，从每个SSR位点前5bp开始，提取18～24bp的序列作为电子模拟PCR扩增的上引物；从SSR位点后间隔10～24bp提取18～24bp序列，反向互补后作为下引物；采用Bowtie软件将引物序列比对到步骤①所下载的参考基因组上，根据需要允许若干个碱基的错配；采用Perl语言编写程序，鉴定、筛选单一SSR位点；④EST中多态性SSR位点鉴定与分析，采用序列比对软件Bowtie以EST序列为模板，以具有单一侧翼序列的SSR比对引物进行比对，采用Perl语言编程统计匹配区域长度信息；⑤多态性EST‑SSR位点筛选，筛选EST模板中有2个以上模拟扩增产物，且产物具有多态性的EST‑SSR位点；⑥多态性EST‑SSR标记引物设计，采用引物设计软件设计多态性EST‑SSR标记引物。