[发明专利]确定棉纤维发育过程中上调基因和下调基因的方法在审
| 申请号： | 201410366425.4 | 申请日： | 2014-07-29 |
| 公开（公告）号： | CN105296604A | 公开（公告）日： | 2016-02-03 |
| 发明（设计）人： | 陈全家;曲延英;倪志勇;李月;刘超;康定明 | 申请（专利权）人： | 新疆农业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68;C12N15/29;C07K14/415;C12N15/11;C12N15/53;C12N9/02;C12N15/82 |
| 代理公司： | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人： | 李志东 |
| 地址： | 830052 新疆维吾尔自治区*** | 国省代码： | 新疆;65 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明提供了一种确定在棉花纤维发育过程中上调或者下调基因的方法，包括：分别从处于棉纤维发育第一时期和第二时期的样本中获得第一转录组和第二转录组，测序获得第一转录组测序数据和第二转录组测序数据；分别基于第一转录组测序数据和第二转录组测序数据进行一级组装，获得第一和第二一级组装数据；合并第一和第二一级组装数据，利用第一一级组装数据和第二一级组装数据中有重叠的一级基因进行二级组装，获得二级组装数据；基于二级组装数据和参考基因的重叠关系进行三级组装，获得三级组装数据；计算三级组装数据中各三级基因在两样本中的表达量，根据表达量的差异是否显著，获得差异表达基因，确定在棉纤维发育过程中的上调基因或者下调基因。 | ||
| 搜索关键词： | 确定 棉纤维 发育 过程 上调 基因 下调 方法 | ||
【主权项】：
一种确定在棉花纤维发育过程中上调或者下调基因的方法，其特征在于，所述方法包括： (1)分别从处于棉纤维发育第一时期和第二时期的样本中获得第一转录组和第二转录组，对所述第一和第二转录组进行测序，获得第一转录组测序数据和第二转录组测序数据，所述第一转录组测序数据和第二转录组测序数据各自包含多个读段； (2)分别基于步骤(1)中的第一转录组测序数据和第二转录组测序数据进行一级组装，获得第一一级组装数据和第二一级组装数据，所述第一一级组装数据和第二一级组装数据各自由多个一级基因构成； (3)合并获自步骤(2)的第一一级组装数据和第二一级组装数据，利用所述第一一级组装数据和第二一级组装数据中有重叠的一级基因进行二级组装，获得二级组装数据，所述二级组装数据由多个二级基因构成； (4)基于步骤(3)的二级组装数据和参考基因的重叠关系进行三级组装，获得三级组装数据，所述三级组装数据由多个三级基因构成； (5)计算所述三级组装数据中各个三级基因在所述棉纤维发育第一时期样本和所述棉纤维发育第二时期样本中的表达量； (6)确定获自步骤(5)的各三级基因的在所述棉纤维发育第一时期样本和所述棉纤维发育第二时期样本中的表达量的差异是否显著，以确定所述在棉纤维发育过程中的上调基因或者下调基因。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于新疆农业大学，未经新疆农业大学许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201410366425.4/，转载请声明来源钻瓜专利网。
