[发明专利]一种病毒RNA检测引物的设计方法及试剂盒

摘要

本发明涉及一种病毒RNA检测引物的设计方法及试剂盒，尤指一种新型的病毒RNA小片段引物设计方法和以此方法设计的HCV RNA检测试剂盒，属于临床检验学领域。本发明通过对HCV RNA的5’–UTR区不同位置的引物设计，发现在HCV RNA降解的患者血清中，目的片段为小片段的检测效率明显高于长片段；并用上述最小片段的引物建立了相应的检测试剂盒。本发明的特点是：本发明所描述的小片段引物设计方法提供了一种新型的、涉及二级结构的、可靠的小片段引物设计原则；尤其适用于RNA降解标本的检测；可以推广到其他病毒RNA的检测中；可降低对标本采集、运输、保存中的要求，提高检测效率。

主权项

一种病毒RNA检测引物的设计方法，其特征在于由以下原则组成：(1)选择病毒基因组RNA最保守区域，通常为5’–UTR区进行引物设计；(2)将该病毒各型别在5’–UTR区的共同序列作为引物设计的选择区域，并将共同序列在二级结构中定位；(3)共同序列中位于5’–UTR二级结构的“茎”上的区域作为引物设计的首选区，尽量避开“环”结构；(4)正反引物设计应尽量靠近5’–UTR的3’端；(5)将最靠近5’–UTR的3’端，位于“茎”上的18‑21nt的序列选为forward引物互补区；(6)将第二靠近5’–UTR的3’端，位于“茎”上的18‑21nt的序列选为probe探针的互补区；(7)将第三靠近5’–UTR的3’端，位于“茎”上的18‑21nt的序列选为reverse引物；(8)forward引物、probe探针、reverse引物之间不要有重合区域；(9)扩增的目的片段跨越的“环”越少越好，即目的片段越小越好。