[发明专利]一种对高通量RNA测序数据的质量控制方法及装置

摘要

本发明属于高通量RNA测序技术领域，公开了一种通过加入外源参照物对高通量RNA测序数据进行质量评估和质量控制的方法，其包括：系统评估外源参照序列在测定样品中的比例、定量水平、基因覆盖度及测序错误率等特征，以及评估批次效应并在此基础上优化数据分析方案。本发明还公开了一种对高通量测序进行质量控制的装置，包括：基因表达测算单元、相关性分析单元、基因覆盖度分析单元和碱基错误率分析单元。本发明可以针对RNA质量、转录组测序实验过程及数据分析流程等多个环节进行质量控制，从而大幅提高高通量测序数据的可靠性和可重复性。

主权项

一种对高通量RNA测序数据的质量控制方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)在待测RNA样品建库前加入一定比例的外源参照物，如ERCC(External RNA Control Consortium)外源RNA标准品；(2)由计算机接收包含转录组测序数据的数据集，该数据集包含有比对到外源参照物转录本的所有读段序列及质量参数；(3)在(2)的基础上，计算外源参照物各个转录本测得读段量，进行标准化处理；(4)在(3)的基础上，根据表达水平进行表达聚类分析及表达水平与理论表达值结果对比分析，判断测序过程及分析流程可靠性；(5)在(3)的基础上，根据外源参照物转录本表达水平偏差，判断基因表达定量方法可靠性；(6)在(3)的基础上，根据基因覆盖度，判断测序深度；(7)在(3)的基础上，根据序列错误率，推测测序错误率及可靠性；(8)根据步骤(4)到步骤(7)得到的参数调整优化数据分析方案。