[发明专利]基于k茎的核糖核酸假结结构的预测方法及装置

摘要

本发明提供一种基于k茎的核糖核酸(RNA)假结结构的预测方法及装置，预测方法包括以下步骤输入一段核糖核酸碱基序列；定义假结、k(k≥1)茎；从左向右查找RNA碱基和k茎，对查找出的所有k茎进行确定标记；根据k茎的交叉形成假结的特性，查找假结；计算出包含k茎的核糖核酸假结结构的最小自由能量；输出核糖核酸的假结结构。本发明所涉及的方法的搜索速度快、正确率高，敏感性和特异性等方面都优于其他相关算法，如PKNOTS算法等。本方法在平面假结的预测上比PKNOTS算法更有效。

主权项

一种基于k茎的核糖核酸假结结构的预测方法，其特征在于，包括：输入一段核糖核酸碱基序列；首先定义k茎，k≥1，假结结构；1茎(记为S1[i，j])由碱基对(i，j)和(r，s)∈S所封闭；k‑1茎(记为Sk‑1[r',s']),设(k‑1)茎由(r',s')和(k，l)∈S所封闭，i＜r＜r'＜k＜l＜s'＜s＜j，v＝r'‑r+s‑s'＞2，则由(i，j)和(k，l)∈S所封闭的结构称为k茎(记为Sk[i,j])；假结结构：两个以上的k茎，k≥1，碱基对的交叉构成假结结构对于输入的一段核糖核酸碱基序列，从左向右查找碱基和1茎、2茎、……k茎，k≥1，对查找出的所有k茎进行标记；先查找1茎，对1茎中的所有碱基标记，再查找2茎，对2茎中的所有碱基标记,以此类推直到查找到k茎，对k茎中的所有碱基标记,直到碱基序列中不含k茎，k≥1，为止；根据两个以上k茎，k≥1，碱基对的交叉构成假结的结构特性，查找假结；计算出包含k茎，k≥1，的核糖核酸假结结构的最小能量；输出查找出的核糖核酸碱基序列的假结结构。