[发明专利]构建测序文库的方法及其应用

摘要

公开了构建测序文库的方法及其应用，该方法包括(a)在双链DNA片段的两端分别连接接头，以便获得连接产物；(b)将所述连接产物裂解为单链DNA片段；(c)利用探针对所述单链DNA片段进行筛选；(d)利用第一引物对所述单链DNA片段进行链延伸反应，以便获得链延伸产物；(e)对所述链延伸产物进行扩增，以便获得扩增产物，所述扩增产物构成所述测序文库。还公开了测序方法、确定核酸序列的方法、构建测序文库的装置、测序设备以及确定核酸序列的系统。

主权项

一种构建测序文库的方法，其特征在于，包括：(a)在双链DNA片段的两端分别连接接头，以便获得连接产物，其中，所述接头包括第一链和第二链，所述第一链和第二链部分匹配并且所述第一链包含第一标签序列，以便所述接头上限定出双链区和两个单链尾部，所述两个单链尾部之一的序列中包含第一标签；(b)将所述连接产物裂解为单链DNA片段；(c)利用探针对所述单链DNA片段进行筛选，其中，所述探针特异性识别预定区域，其中，所述预定区域包括下列之一：(1)ABCB1、BRAF、CHD2、FOXA2、IKBKE、MECOM、PTCH2、SF3A1、TIPARP、ABL1、CHD4、ERCC2、IKZF1、NTRK2、SF3B1、TLR4、ABL2、CHEK1、ERCC3、FPGS、IL13RA2、MEF2B、PTP4A3、SH2B3、TMEM127、ACVR1B、BRIP1、ERG、FUBP1、IL2RA、MEN1、NUP93、PTPN11、SIK1、TNFAIP3、ACVR2A、BTG1、CHUK、ESR1、FYN、IL2RB、PAK3、SIN3A、TNFRSF14、AJUBA、BTK、CIC、ETV1、GAB2、IL2RG、MIR142、PAK7、RAC1、SLAMF7、TNFRSF8、C11orf30、CRBN、ETV6、GATA1、MITF、PALB2、RAC2、SLC4A1、TNFSF11、AKT2、C1QA、EWSR1、GATA2、PARP1、RAD21、SLIT2、TNFSF13B、AKT3、C1QB、CRIPAK、EXT1、GATA3、IRF4、MLH3、PARP2、RAD50、SMAD2、TOP1、C1QC、CRKL、EXT2、GID4、IRS2、MLL、PARP3、RAD51、SMAD3、TOP2A、ALOX12B、C1R、CRLF2、EZH2、GNA11、ITGB2、PARP4、RAD51B、TOP2B、ANGPT1、C1S、CROT、FAM123B、GNA13、JAK1、PAX5、RAD51C、SMARCA1、ANGPT2、CAMK2G、CSF1R、FAM46C、GNAQ、MLL4、PBRM1、RAD51D、SMARCA4、TRAF7、CARD11、CTCF、FANCA、MPL、PCBP1、RAD52、SMARCB1、TRRAP、APCDD1、CASP8、CTLA4、FANCC、GNRHR、JUN、MRE11A、PCM1、RAD54L、SMARCD1、TSC1、AR、CBFB、FANCD2、GPR124、KAT6A、MS4A1、RAF1、SMC1A、TSC2、ARAF、CBL、FANCE、GRIN2A、KCNH2、PDGFRB、RARA、SMC3、TSHR、ARFRP1、CBLB、CUL4A、FANCF、GRM3、KDM5A、MSH3、PDK1、RARB、SMO、TSHZ2、ARHGAP35、CBR1、CUL4B、FANCG、GSK3B、KDM5C、MSH4、PHF6、RARG、SOCS1、CCND1、FANCI、H3F3A、KDM6A、MSH5、PIGF、SOX10、TUBA1A、ARID1B、CCND2、CYP17A1、FANCL、H3F3C、MSH6、PIK3C2A、REL、SOX17、TUBB、ARID2、CCND3、DAXX、FANCM、HCK、MSR1、PIK3C2B、SOX2、TUBD1、ARID5B、CCNE1、DDR1、HDAC1、KIF1B、MTOR、PIK3C2G、RFC1、SOX9、TUBE1、CD22、HDAC2、KIF5B、MUC1、PIK3C3、RHEB、SPEN、TUBG1、CD33、DIS3、FCGR1A、HDAC3、MUTYH、RICTOR、SPOP、TXNRD1、ATR、CD3D、DNMT1、FCGR2A、HDAC4、KLF4、MYC、PIK3CB、RNASEL、SPRY4、TYR、ATRX、CD3E、DNMT3A、FCGR2B、HDAC6、KLHL6、MYCL1、PIK3CG、U2AF1、AURKA、CD3G、DOCK2、FCGR2C、HDAC8、MYCN、ROBO1、SRD5A2、U2AF2、AURKB、CD52、DOT1L、FCGR3A、HGF、LCK、MYD88、PIK3R2、SRSF1、USP9X、CD79A、DUSP6、FCGR3B、HIF1A、LHCGR、PLK1、SRSF2、VEGFA、AXIN2、CD79B、EDNRA、FGF10、HIST1H1C、LIFR、NBN、PML、RPA1、SRSF7、VEGFB、AXL、CD80、FGF12、HIST1H2BD、LIMK1、NCOA1、PMS1、RPL22、SSTR2、VEZF1、B2M、CDC25C、EGR3、FGF14、HIST1H3B、LMO1、NCOA2、PMS2、RPL5、SSTR3、VHL、B4GALT3、CDC42、EIF4A2、FGF19、HLA‑A、LRRK2、NCOR1、PNRC1、RPS14、SSTR5、WHSC1L1、BACH1、CDC73、ELAC2、FGF23、HNF1A、LYN、NEK11、POLQ、RPS6KB1、STAG2、WISP3、BAK1、CDH1、ELF3、FGF3、MALAT1、RPTOR、STAT4、WWP1、ELMO1、FGF4、HRH2、NF2、PRDM1、RUNX1、STAT5B、XBP1、BARD1、CDK2、EML4、FGF6、HSD17B3、MAP2K2、PRKAA1、RUNX1T1、XIAP、BCL2、CDK4、FGF7、HSD3B2、MAP2K4、NFE2L3、PRKAR1A、RXRA、SUFU、XPA、BCL2A1、CDK6、EPCAM、HSH2D、MAP3K1、NFKBIA、PRKCA、RXRB、SUZ12、XPC、BCL2L1、CDK8、EPHA2、HSP90AA1、MAP3K13、NKX2‑1、PRKCB、RXRG、SYK、XPO1、BCL2L11、CDKN1A、HSPA4、MAPK1、NKX3‑1、PRKCG、SDHAF2、TACR1、XRCC3、BCL2L2、CDKN1B、IDH1、MAPK3、PRKDC、SDHB、TAF1、YES1、BCL6、EPHB1、FH、IDH2、MAPK8、PRPF40B、SDHC、TBL1XR1、ZNF217、CDKN2B、EPHB2、FLCN、IFNAR1、MAPK8IP1、NOTCH3、PRSS8、SDHD、TBX3、ZNF703、BCORL1、CDKN2C、EPHB6、FLT1、IFNAR2、MAX、NOTCH4、PRX、SEMA3A、TEK、ZRSR2、BCR、CDX2、EPOR、FLT3、IGF1、MC1R、NPM1、PSMB1、SEMA3E、TERT、WT1、BLM、CEBPA、EPPK1、FLT4、IGF1R、MCL1、NR3C1、PSMB2、SETBP1、TET2、BMPR1A、CFLAR、FNTA、IGF2、MDM2、PSMB5、SETD2、TFG、BRAF、CHD1、ERBB3、FOXA1、IKBKB、MDM4、SF1及TGFBR2基因的至少之一；(2)(1)的CDS区域；以及(3)(2)的上下游至少10bp的区域；(d)利用第一引物对所述单链DNA片段进行链延伸反应，以便获得链延伸产物，其中，所述第一引物包括第二标签序列，并且所述第一引物适于与所述接头的第一链形成双链结构，只是所述第一标签序列与所述第二标签序列之间存在错配；(e)对所述链延伸产物进行扩增，以便获得扩增产物，所述扩增产物构成所述测序文库，其中，所述扩增采用适于同时扩增所述第一标签序列和所述第二标签序列的引物，所述引物为第二引物和第三引物。