[发明专利]预测新抗原表位的方法及设备

摘要

本发明提供了预测新抗原表位的方法及设备，预测新抗原表位的方法包括：(1)构建候选表位库，其中，所述候选表位库由表达差异肽构成，所述表达差异肽是在具有所述预定状态的样本与不具有所述预定状态的样本之间存在差异的肽；(2)基于历史数据库构建预测模型，所述历史数据库由与所述预定状态相关的已知抗原表位构成；以及(3)将所述候选表位库的至少一个子集作为所述预测模型的输入变量，以便预测新抗原表位。利用该预测新抗原表位的方法，能够真正的从基因水平和蛋白水平确定抗原的突变信息，进而快速有效地获得能够与MHC结合的新抗原表位，且能够精准的预测抗原表位与NHC的结合能力，同时该方法简单方便，能够大大节约人力、物力。

主权项

一种预测新抗原表位的方法，其特征在于，所述抗原表位与预定状态相关，所述方法包括：(1)构建候选表位库，其中，所述候选表位库由表达差异肽构成，所述表达差异肽是在具有所述预定状态的样本与不具有所述预定状态的样本之间存在差异的肽；(2)基于历史数据库构建预测模型，所述历史数据库由与所述预定状态相关的已知抗原表位构成；以及(3)将所述候选表位库的至少一个子集作为所述预测模型的输入变量，以便预测新抗原表位，任选地，所述预定状态为疾病，任选地，所述预定状态为肿瘤，任选地，所述样本为组织，任选地，所述表达差异肽是通过核酸序列分析和质谱分析的至少之一而完成的，任选地，所述核酸序列分析包括：从肿瘤组织提取核酸，以便获得肿瘤核酸；对所述肿瘤核酸进行测序，以便获得测序结果；基于所述测序结果，确定突变基因信息；以及基于所述突变基因信息，确定所述表达差异肽，任选地，所述核酸包括基因组DNA和RNA的至少之一，任选地，所述RNA包括mRNA，任选地，所述测序是利用高通量测序平台进行的，任选地，基于所述测序结果，确定突变基因信息，是通过将所述测序结果与参照基因组序列进行比对而进行的，任选地，所述质谱分析包括：对肿瘤组织进行酶解处理，以便获得含有肿瘤组织多肽的酶解产物；对所述酶解产物进行质谱鉴定，以便获得肿瘤组织质谱结果；基于所述肿瘤组织质谱结果，确定所述表达差异肽，任选地，所述已知抗原表位是从免疫表位数据库Immune Epitope Database(IEDB)和MHCPEP数据库的至少之一选择的。