[发明专利]一种基因数据处理方法及装置在审
申请号: | 201410616856.1 | 申请日: | 2014-11-05 |
公开(公告)号: | CN104408332A | 公开(公告)日: | 2015-03-11 |
发明(设计)人: | 周丰丰;赵苗苗 | 申请(专利权)人: | 深圳先进技术研究院 |
主分类号: | G06F19/24 | 分类号: | G06F19/24 |
代理公司: | 广州三环专利代理有限公司 44202 | 代理人: | 郝传鑫;熊永强 |
地址: | 518055 广东省深圳*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | 本发明实施例公开了一种基因数据处理方法及装置,所述方法包括:接收参考人群的指定特征类型的基因数据,对所述基因数据进行预处理得到标准化基因数据,使用LASSO方法对所述标准化基因数据进行特征基因选择,得到特征基因数据,基于交叉验证方法,将所述特征基因数据的样本集分成测试样本和训练样本,将所述训练样本注入分类器,得到训练后分类器,将所述测试样本注入所述训练后分类器,对所述测试样本进行特征分类,并统计分类器的分类准确性。本发明实施例可以提高特征基因选择的准确性、降低测试样本和训练样本的选择对分类准确率的影响。 | ||
搜索关键词: | 一种 基因 数据处理 方法 装置 | ||
【主权项】:
一种基因数据处理方法,其特征在于,包括以下步骤:接收参考人群的样本特征类型的基因数据,基于交叉验证方法,将所述基因数据分成测试数据和训练数据;对所述基因数据进行去噪和标准化处理得到标准化基因数据;使用最小凸度绝对压缩选择算子LASSO方法对所述标准化基因数据进行特征基因选择,得到特征基因数据;将所述训练数据对应的特征基因数据注入分类器,对所述分类器进行训练,得到训练后分类器;将所述测试数据对应的特征基因数据注入所述训练后分类器,得到所述测试数据对应的特征基因数据的分类结果。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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