[发明专利]一种组装叶绿体基因组序列的方法在审
| 申请号： | 201410782756.6 | 申请日： | 2014-12-16 |
| 公开（公告）号： | CN104450682A | 公开（公告）日： | 2015-03-25 |
| 发明（设计）人： | 洪棋斌;龚桂芝 | 申请（专利权）人： | 西南大学 |
| 主分类号： | C12N15/10 | 分类号： | C12N15/10;C12Q1/68 |
| 代理公司： | 北京科亿知识产权代理事务所(普通合伙) 11350 | 代理人： | 汤东凤 |
| 地址： | 400712 重*** | 国省代码： | 重庆;85 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种组装叶绿体基因组序列的方法，不需要专门分离叶绿体，通过利用新一代测序技术对样品进行测序，根据参考叶绿体基因组序列筛选能mapping到参考基因组的Reads，对筛选获得的Reads进行多个kmer组装，构建Contigs，Contigs序列与参考叶绿体基因组序列比对并排序，选择一个kmer的组装排序结果为主，按照排序结果实现序列的延伸，合并头部和尾部多出部分序列的叠加区域，获得参考组装叶绿体基因组完整序列。本发明方法直接利用NGS基因组测序数据进行DeNovo组装以获得完整叶绿体基因组序列，自身形成了有效的组装和验证的闭环，可以对组装序列的质量进行评价判断。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 组装 叶绿体 基因组 序列 方法 | ||
【主权项】：
一种组装叶绿体基因组序列的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)利用NGS测序技术对样品进行测序；2)根据参考叶绿体基因组序列筛选能mapping到参考基因组的Reads；3)对筛选获得的Reads进行多个kmer组装，构建Contigs；4)Contigs序列与参考叶绿体基因组序列比对并排序；5)选择一个kmer的组装排序结果为主，按照排序结果提取比对上的叠连群序列并按同一序列方向排列序列，根据前后序列的叠加区域实现序列的延伸；6)对出现的空隙区域序列进行填补和延伸；7)合并头部和尾部多出部分序列的叠加区域，获得组装叶绿体基因组完整序列；8)以组装叶绿体基因组序列为参考，重复步骤(1)～(7)过程，获得新组装序列；9)对参考组装叶绿体基因组和新组装序列进行序列比对分析，对差异区域进行检视，判定其来源和可靠性，获得样本的最终叶绿体基因组序列。
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