[发明专利]复杂基因集合中的独特标记的重排适应性免疫受体基因

摘要

本发明公开了组合物和方法，所述组合物和方法用于在来自淋巴样细胞的DNA(或mRNA或由其逆转录而成的cDNA)样品中，独特地标记编码T细胞受体(TCR)和/或免疫球蛋白(Ig)的每个重排基因区段。这些和相关实施例允许对不同TCR和/或Ig编码序列执行准确的高通量定量。本发明还提供了一些组合物和方法，这些组合物和方法用于对编码单个细胞中的TCR或Ig异源二聚体的两条链的基因进行定量测序，例如以表征样品中的T或B细胞克隆性的程度。

主权项

1.一种识别多个同源适应性免疫受体(AIR)对的方法，所述同源适应性免疫受体对包含第一多肽和第二多肽而形成适应性免疫受体异源二聚体，所述适应性免疫受体异源二聚体来自样品中的单个淋巴样细胞，所述样品包含来自哺乳动物受试者的多个淋巴样细胞，所述方法包括：A)将所述多个淋巴样细胞分配到多个容器中，让每个容器装有多个淋巴样细胞；B)从每个所述容器中的所述多个淋巴样细胞逆转录RNA分子成为cDNA分子；C)对所述cDNA分子执行多重PCR，而在所述多个容器中生成多个扩增子，其中所述多重PCR在单个反应中扩增基本上所有重排适应性免疫受体分子，所述多个扩增子包含：(i)编码第一适应性免疫受体序列的多个第一适应性免疫受体扩增子，所述扩增子包含(a)V区编码序列和J区编码序列、或V区编码序列和C区编码序列，以及(b)通用接头序列；和(ii)编码第二适应性免疫受体序列的多个第二适应性免疫受体扩增子，所述扩增子包含(a)V区编码序列和J区编码序列、或V区编码序列和C区编码序列，以及(b)通用接头序列；其中多个适应性免疫受体扩增子中的每一个包含通用接头序列，其中所述通用接头序列在步骤C)所述多重PCR中被引入；D)在第二PCR反应中扩增步骤C)中获得的所述多个扩增子，从而产生第二多个扩增子，其中所述第二PCR反应是加尾PCR，并且其中所述加尾PCR使用所述通用接头序列特异性引物，其中所述第二多个扩增子包含(a)至少一个能识别所述容器的条形码序列，以及(b)测序平台特异性接头，其中能识别所述容器的条形码序列以及所述测序平台特异性接头通过步骤D)所述加尾PCR中使用的引物引入；E)对在步骤D)中产生的所述第二多个扩增子执行高通量测序，从而获得多个第一适应性免疫受体序列和第二适应性免疫受体序列的数据集；F)通过基于步骤D)中添加的所述条形码序列将每个第一适应性免疫受体链扩增子序列和每个第二适应性免疫受体链扩增子序列分配至特定容器，来确定每个第一适应性免疫受体序列和每个第二适应性免疫受体序列的容器占用模式；G)对于可以形成推定同源适应性免疫受体对的第一和第二适应性免疫受体序列的每种可能配对，计算观察到所述第一和第二适应性免疫受体序列间的容器占用模式的统计概率、或偶然观察到比预期高的任意共用容器比例的统计概率，前提是所述第一适应性免疫受体序列和第二适应性免疫受体序列不源自所述淋巴样细胞的相同克隆群体；H)执行包括以下的步骤：(1)基于低于预定截断值的所述统计概率来识别多个推定同源适应性免疫受体对，其中所述推定同源适应性免疫受体对由第一适应性免疫受体序列和第二适应性免疫受体序列形成；和(2)对于每个识别出的第一适应性免疫受体序列和第二适应性免疫受体序列的推定同源适应性免疫受体对，确定所述第一适应性免疫受体序列和所述第二适应性免疫受体序列的可能错误配对的假发现率估值；随后I)基于所述统计概率和所述假发现率估值，将多个第一适应性免疫受体序列和第二适应性免疫受体序列识别为编码所述适应性免疫受体异源二聚体的真实同源适应性免疫受体对。