[发明专利]用于亚硫酸氢盐转化的序列捕获的组合物和方法

摘要

本发明一般地涉及用于表征甲基化组的组合物和方法，所述甲基化组包括基因组的所有或基本上所有的甲基化状态。具体地，本文提供了多种寡核苷酸和使用本文所述的多种寡核苷酸的方法，每种寡核苷酸代表目标靶序列内的每个CG二核苷酸对的胞嘧啶位置的几乎每种可能的甲基化状态。

主权项

1.一种用于非诊断目的、鉴别亚硫酸氢盐转化的靶核酸序列内的甲基化的碱基的方法，所述方法包括下述步骤：(a) 使多种寡核苷酸与亚硫酸氢盐转化的核酸样品接触，每种寡核苷酸可与靶生物的亚硫酸氢盐转化的基因组核酸样品的至少一部分杂交，且每种寡核苷酸在与靶生物的未转化的基因组核酸中的胞嘧啶‑鸟嘌呤二核苷酸对互补的二核苷酸对的每个位置处包含在每个胞嘧啶互补位置处的摆动碱基，其中所述接触会用所述多种寡核苷酸的至少一部分捕获杂交复合物中的亚硫酸氢盐转化的靶核酸分子；(b) 使所述杂交复合物与未结合的和非特异性地结合的核酸分子分离；(c) 从所述杂交复合物洗脱捕获的亚硫酸氢盐转化的靶核酸分子；(d) 将洗脱的亚硫酸氢盐转化的靶核酸序列测序；和(e) 鉴别洗脱的亚硫酸氢盐转化的靶核酸序列的甲基化的碱基，其中鉴别包括，将所述靶生物的未转化的基因组核酸与所述洗脱的亚硫酸氢盐转化的靶核酸序列对比，其中如果所述洗脱的亚硫酸氢盐转化的靶核酸序列中的对应位置是胸腺嘧啶，则将所述未转化的基因组核酸的胞嘧啶鉴别为未甲基化的，且其中如果所述洗脱的亚硫酸氢盐转化的靶核酸序列中的对应位置是胞嘧啶，则将所述未转化的基因组核酸的胞嘧啶鉴别为甲基化的；其中所述靶核酸序列包含至少两个CG/CpG二核苷酸。