[发明专利]经由剪刀状结构的DNA扩增(DASL)

摘要

提供了通过具有链置换活性的聚合酶扩增目标核酸的方法和系统，其使用两种或更多种茎环状引物，每种茎环状引物具有3’末端部分和5’末端部分，所述3’末端部分包括与目标核酸的目标同源性位点互补的序列，所述5’末端部分具有包括茎序列，环序列和与所述茎序列反向互补的序列的序列，所述5’末端部分能够形成茎环。这种方法和系统可以用于通过具有链置换活性的聚合酶等温地扩增目标核酸。

主权项

1.一种扩增核酸的方法，其包括：/n(a)提供第一模板，所述第一模板具有：(i)3’末端茎环，所述3’末端茎环由位于3’末端的第一区和彼此退火形成第一茎的第一互补区，和连接所述位于3’末端的第一区和所述第一互补区的第一环区形成；(ii)5’末端茎环，所述5’末端茎环由位于5’末端的第二区和彼此退火形成第二茎的第二互补区，和连接所述位于5’末端的第二区和所述第二互补区的第二环区形成；和(iii)连接所述3’末端茎环和所述5’末端茎环的单链目标序列，所述目标序列具有在目标序列的3’末端处的第一同源性位点，和在目标序列的5’末端处的第二同源性位点；/n(b)提供与所述第一模板互补的第二模板，所述第二模板具有：(i)5’末端茎环，所述5’末端茎环由位于5’末端的第一区和彼此退火形成第一茎的第一互补区，和连接所述位于5’末端的第一区和所述第一互补区的第一环区形成；(ii)3’末端茎环，所述3’末端茎环由位于3’末端的第二区和彼此退火形成第二茎的第二互补区，和连接所述位于3’末端的第二区和所述第二互补区的第二环区形成；和(iii)连接所述5’末端茎环和所述3’末端茎环的单链目标序列，所述目标序列具有在目标序列的5’末端处的第一同源性位点，和在目标序列的3’末端处的第二同源性位点；/n(c)提供两种茎环状引物，其中第一茎环状引物具有：(ⅰ)5’末端茎环，所述5’末端茎环由位于5’末端的第三区和彼此退火形成第三茎的第三互补区，和连接所述位于5’末端的第三区和所述第三互补区的第三环区形成；和(ii)与第一同源性位点互补的在3’末端处的核苷酸序列；并且其中第二茎环状引物具有：(ⅰ)5’末端茎环，所述5’末端茎环由位于5’末端的第四区和彼此退火形成第四茎的第四互补区，和连接所述位于5’末端的第四区和所述第四互补区的第四环区形成；和(ii)与互补于第二同源性位点的序列互补的在3’末端处的核苷酸序列，/n(d)使第一茎环状引物与第一模板结合并沿着所述第一模板延伸，使第二茎环状引物与所述第二模板结合并沿着所述第二模板延伸，所述延伸使用DNA聚合酶，所述DNA聚合酶在脱氧核糖核苷三磷酸的存在下具有链置换活性；以及/n(e)重复步骤(a)到步骤(d)，以进行DNA扩增，/n其中，所述第一茎环状引物被选择为结合第一模板，所述第二茎环状引物被选择为结合第二模板，并且其中，所述第一和第二茎环状引物的所述第三茎和第三环以及所述第四茎和第四环与所述第一和第二模板的所述第一茎和第一环以及所述第二茎和第二环在序列上是相同的。/n