[发明专利]在使用终止化学物质的测序中建立分阶段效应模型的方法和系统

摘要

一种用于核酸测序的方法，其包括从接收并且在终止合成测序过程中处理样品核酸的测序仪器接收观测到或测量到的核酸测序数据。所述方法还包括针对所述观测到或测量到的核酸测序数据，通过测定候选序列的预测信号，使用模拟框架来产生一组碱基候选序列。所述模拟框架并入估算推进率(CFR)、估算不完全延伸率(IER)、估算下降率(DR)、估算再活化分子率(RMR)以及估算终止失败率(TFR)，所述RMR大于或等于零并且所述TFR小于一。所述方法还包括从所述组碱基候选序列鉴别出一个候选序列，其在对应于所述样品核酸的序列时，使得求解函数最佳化。

主权项

1.一种用于核酸测序的方法，其包含：从经配置以接收样品核酸并且在终止合成测序过程中处理所述样品核酸的测序仪器接收观测到或测量到的核酸测序数据；针对所述观测到或测量到的核酸测序数据，通过测定候选序列的预测信号，使用用于模拟在第N个核苷酸流期间第K个碱基处存在的活性和非活性分子的可能的状态转换的模拟框架，产生一组碱基候选序列，其中K和N分别指示与碱基和核苷酸流相关的指数，其中用于模拟所述可能的状态转换的所述模拟框架并入估算推进率CFR、估算不完全延伸率IER、估算下降率DR、估算再活化分子率RMR以及估算终止失败率TFR，所述RMR大于或等于零并且所述TFR小于一；以及从所述组碱基候选序列鉴别出一个候选序列，其在对应于所述样品核酸的序列时，使得求解函数最佳化。