[发明专利]一种杂合性缺失的检测方法

摘要

本申请公开了一种杂合性缺失的检测方法，本申请的检测方法以单细胞测序为基础，以dbSNP数据库为背景，以染色体臂为检测单元，对单个细胞的SNP位点进行分析，并通过hampel identifier法判断离群点，鉴别出杂合性缺失，从而检测获得准确的单个细胞的杂合性缺失信息。本申请的检测方法率先在单细胞全基因组上水平检测各个细胞的杂合性缺失；以染色体臂为检测单元，检测精度高；开辟了单细胞杂合性缺失检测先河；为单个细胞差异的鉴别，以及肿瘤组织中细胞的异质性研究奠定了基础；不仅可以用于推断肿瘤的发生发展过程，了解肿瘤克隆演化的类型；而且对不同病患或不同时期的用药或用药效果分析等也具有重要意义。

主权项

1.一种杂合性缺失的检测方法，其特征在于：包括以下步骤，(1)提取组织样品，分离获得单个细胞，提取单细胞的核酸，并采用全基因组扩增方法对所提取的核酸进行扩增，建库后上机测序，得到单细胞的全基因组测序；(2)将步骤(1)获得的全基因组测序与参考基因序列进行比对，检测单细胞的SNP，得到单细胞全基因组上的单核苷酸多态性位点的基因型数据，并按照过滤标准对潜在的假阳性SNP位点进行过滤，得到高质量SNP数据；(3)下载dbSNP数据库中与组织样品对应的所有SNP位点数据，过滤掉dbSNP数据库中在千人基因组中SNP频率低于5％的SNP位点，剩下的SNP位点作为背景SNP位点集；(4)采用步骤(2)得到的高质量SNP数据，对于每个单细胞，以染色体臂为一个检测区域，统计各检测区域的SNP位点与背景SNP位点集的交集，计数为T_i，并统计纯合SNP和杂合SNP位点，纯合SNP计数为N_ij；(5)计算每个单细胞中各个检测区域的纯合SNP位点频率F_ij，计算公式为F_ij＝N_ij÷T_i×100％，得到各个检测区域的纯合SNP位点频率矩阵；(6)用hampel identifier法找纯合SNP位点频率F_ij中的离群点，离群点所在的检测区域，即判定该染色体臂有发生杂合性缺失；所述步骤(6)用hampel identifier法找离群点具体包括，(a)找出所有检测区域的纯合SNP位点频率F_ij的中位数M_F，(b)计算每个纯合SNP位点频率F_ij与中位数M_F的差值，取差值的绝对值即各纯合SNP位点的绝对中位差|F_ij‑M_F|，得到绝对中位差矩阵，其中染色体臂纯合率F_ij小于中位数M_F的判定该染色体臂没有发生杂合性缺失，(c)找出各纯合SNP位点的绝对中位差的中位数MAD，按公式计算Z_ij’＝(|F_ij‑M_F|)÷(MAD÷0.6745)，Z_ij’大于2.24，为离群点，即判定该染色体臂有发生杂合性缺失；其中，i表示染色体臂的编号，j表示单细胞的编号。